W listopadzie 2008 r. uczelniany związek Solidarność 80 oskarżyła prof. Andrzejaka, że w swojej pracy habilitacyjnej dopuścił się plagiatu. Miał on - według związkowców - przepisać ok. 90 fragmentów z prac prof. Witolda Zatońskiego i prof. Jolanty Antonowicz-Juchniewicz. W lipcu 2010 r. sprawą zajął się zespół ds. etyki w nauce przy Ministerstwie Nauki i Szkolnictwa Wyższego. Jego członkowie orzekli, że praca habilitacja prof. Andrzejaka jest plagiatem. Zespół nie może jednak pozbawić rektora Akademii Medycznej stanowiska ani tytułu naukowego, ponieważ jest jedynie ciałem doradczym ministra nauki i szkolnictwa wyższego.
Wcześniej sprawą plagiatu zajął się powołany przez Ministerstwo Zdrowia rzecznik dyscyplinarny, który nie dopatrzył się nadużyć w pracy prof. Andrzejaka. Sam rektor Akademii Medycznej twierdzi, że nie dopuścił się plagiatu. W konsekwencji przeciągającego się postępowania w sprawie plagiatu prof. Andrzejaka Centralna Komisja do spraw Stopni i Tytułów 30 września zawiesiła Wydziałowi Lekarskiemu wrocławskiej Akademii Medycznej uprawnienia do nadawania habilitacji i prowadzenia procedur profesorskich. Akademia od tej decyzji się odwołała. Teraz sprawę plagiatu badają naukowcy z Collegium Medicum Uniwersytetu Jagiellońskiego.
zew, PAP