Prokuratura Generalna Rosji oskarżyła ich o to, że - działając w zorganizowanej grupie przestępczej - w 1998 roku zagarnęli, a następnie zalegalizowali akcje spółki Wostocznaja Nieftianaja Kompania (WNK) na sumę 3,6 mld rubli (103,5 mln dolarów). Natomiast w latach 1998-2003 jakoby przywłaszczyli sobie prawie 350 mln ton ropy naftowej należącej do kilku spółek-córek Jukosu, a także wyprali 487 mld rubli (14 mld USD) i 7 mld dolarów. Obaj od maja 2005 roku odbywają już kary po 8 lat łagru za rzekome oszustwa podatkowe i uchylanie się od płacenia podatków. Prokurator Walerij Łachtin wniósł o zaliczenie im na poczet nowych kar okresu, jaki upłynął od ich aresztowania w 2003 roku. Oznacza to, że jeśli Sąd Rejonowy w Moskwie przychyli się do wniosku oskarżycieli, Chodorkowski i Lebiediew wyjdą na wolność w 2017 roku.
Nowy proces Chodorkowskiego i Lebiediewa trwa od marca 2009 roku. W charakterze świadków obrony wystąpili na nim m.in. były premier Michaił Kasjanow, były prezes Centralnego Banku Rosji (CBR) Wiktor Gieraszczenko, były minister gospodarki, a obecnie prezes Sbierbanku (największego banku detalicznego w Rosji) German Gref oraz obecny minister przemysłu i handlu Wiktor Christienko. Wszyscy zgodnie zeznali, że takie same praktyki, jak w Jukosie, były też stosowane w innych koncernach naftowych Rosji. Oświadczyli również, że nie słyszeli o kradzieży w Rosji ropy naftowej na taką skalę, choć powinni byliby o tym wiedzieć z racji urzędów, jakie pełnili. Sami podsądni dowodzili, że nie jest fizycznie możliwe zagarnięcie takiej ilości ropy. Chodorkowski i Lebiediew konsekwentnie odpierają wszystkie wysunięte wobec nich zarzuty, uważając je za sfabrykowane i politycznie umotywowane.
Powstały w 1993 roku Jukos stał się z czasem jednym z największych koncernów naftowych w Rosji. Jednak w 2003 roku popadł w konflikt z Kremlem. Chodorkowski i jego partner Lebiediew zostali aresztowani. W 2006 roku sąd w Rosji ogłosił upadłość Jukosu. Jego najcenniejsze aktywa przejął kontrolowany przez państwo koncern Rosnieft.
pap, ps