Policja próbowała przeszukać dom kardiologa już 30 września, jednak lekarza nie było w domu. Do przeszukania doszło w miniony weekend. Profesor miał w domu cały arsenał broni.
– Na miejscu ujawniono kilkanaście jednostek broni palnej wojskowej, kilkaset ostrych nabojów różnego kalibru i do różnych rodzajów broni w tym do broni krótkiej i kałasznikowa oraz łuski pocisków artyleryjskich. Broń jest sprawna technicznie. Prokuratura ustaliła, że lekarz, u którego została ujawniona bron i amunicja, nie posiadał wymaganego zezwolenia – mówił w rozmowie z TVP Info prok. Maciej Kujawski z zespołu prasowego Prokuratury Krajowej.
Śledztwo ws. wyłudzenia 371 tys. zł na szkodę Skarbu Państwa w związku z opinią dot. śmierci ojca ministra sprawiedliwości prowadzi Małopolski Wydział Prokuratury Krajowej.
W lutym 2012 roku krakowski sąd zdecydował o umorzeniu postępowania w sprawie leczenia i śmierci Jerzego Ziobry. Sąd stwierdził, że czwórka krakowskich lekarzy nie popełniła przestępstwa w trakcie leczenia ojca byłego ministra sprawiedliwości.
Sąd podzielił opinię prokuratury, która wcześniej dwukrotnie umarzała śledztwo w tej sprawie. Sąd nie przychylił się też do propozycji rodziny, aby zlecić nową opinię biegłych lub zweryfikować poprzednią. Prowadzący śledztwo prokurator, umarzając śledztwo, oparł się na opinii biegłych, według których personel medyczny nie dopuścił się błędu w sztuce medycznej. Opinię przygotowało kilkunastu biegłych siedmiu specjalności, legitymujących się - według prokuratorów - najwyższymi w kraju kwalifikacjami medycznymi i naukowymi.
W lipcu 2011 r. żona zmarłego Krystyna Kornicka-Ziobro złożyła tzw. subsydiarny akt oskarżenia. Może go wnieść pokrzywdzony w sprawach ściganych z oskarżenia publicznego w sytuacji, gdy odmawia tego prokurator (po uprzednim wykorzystaniu drogi zażalenia sądowego). Kornicka-Ziobro zarzuciła w akcie oskarżenia czworgu lekarzom ze szpitala Uniwersyteckiego w Krakowie, że jej mąż "narażony został na bezpośrednie niebezpieczeństwo utraty życia, skutkiem czego 2 lipca 2006 roku zmarł".
Jerzy Ziobro był leczony z powodów kardiologicznych. Zmarł 2 lipca 2006 roku. Miesiąc po jego śmierci Witold Ziobro złożył doniesienie w prokuraturze, wskazując na możliwe nieprawidłowości w sposobie leczenia. Prokuratura Rejonowa dla Krakowa Śródmieścia-Wschód wszczęła w tej sprawie śledztwo, dotyczące narażenia na bezpośrednie niebezpieczeństwo utraty życia, niewłaściwego leczenia i zaniechania podstawowych badań, skutkiem czego była śmierć pacjenta. W marcu 2007 r. śledztwo przeniesiono z Krakowa do Prokuratury Rejonowej w Ostrowcu Świętokrzyskim. W czasie jego trwania media donosiły o naciskach na prokuratorów prowadzących sprawę. Zaprzeczali temu Zbigniew Ziobro, ówczesny minister sprawiedliwości, oraz kierownictwa prokuratur. W kwietniu 2008 r. prokuratura w Ostrowcu po raz pierwszy umorzyła postępowanie w tej sprawie, uznając, że lekarze i pielęgniarki nie narazili pacjenta, nawet nieumyślnie, na utratę zdrowia i życia, a śmierci pacjenta nie można było zapobiec.
W wyniku zażalenia rodziny, która dostarczyła m.in. uzyskane przez siebie opinie ekspertów zagranicznych, we wrześniu 2008 r. krakowski sąd uchylił decyzję o umorzeniu śledztwa i nakazał prowadzić je dalej. Uznał, że opinia uzyskana przez prokuraturę nie daje podstaw do merytorycznej oceny prawidłowości leczenia Jerzego Ziobry, jest niekonsekwentna i nie daje odpowiedzi na kluczowe pytania śledztwa. 20 czerwca 2011 r. Prokuratura Rejonowa w Ostrowcu Świętokrzyskim ponownie umorzyła śledztwo.