Koturnowy charakter filmu, choć wprawia w nastrój, nie zawsze mu służy. Dziwne i mocno uproszczone są nawiązania do Nowego Testamentu. Z jednej strony są one częścią zamiaru, zgodnie z którym poznajemy ojca Rodriguesa (Andrew Garfield) nie tyle jako naśladowcę Jezusa, co kogoś, kto szukając w cierpieniu splendoru, przemienia się w Jego karykaturę – przy okazji dostrzegając w swoim odbiciu boski wizerunek. Z drugiej – prowadzą na manowce. Kichijiro (Yôsuke Kubozuka), który sprzedaje prześladowcom Rodriguesa, jest charakterem mało interesującym. Odgrywa kilka ról: jest niby-odbiciem widza niemającego sił, by poradzić sobie z własnymi słabościami, niby-Judaszem, czy nawet kontrapunktem dla głównego bohatera, dostrzegającego zbawczy charakter cierpienia. Nie da się jednak ukryć, że o ile pierwsza, mimo że spychana w rejony groteski (bo taki człowieczy los), i ostatnia sprawdzają się nieźle, to chybione wydają się sceny kojarzące Kichijiro z Judaszem, który jest postacią tragiczniejszą i znacznie bardziej złożoną.
Reżyser „Wściekłego byka” wie, że prostych ludzi nie interesują teologiczne meandry chrześcijaństwa, że da się ich „kupić” obietnicami. I wcale ich za to nie potępia, raczej szuka kontaktu, wspólnego mianownika – przy czym zdaje sobie sprawę, że język wpływa na to, jak świat jest postrzegany. Zastanawia się nad sensem cierpienia, unikając scen przemocy („Pasja” à rebours). No i przede wszystkim pyta, czy wyparcie się Boga przez jezuitów jest aktem męczeństwa. Można więc śmiało stwierdzić, że Scorsese wyczerpuje intelektualny potencjał „Milczenia”.
