Jelcyn został w czerwcu 1991 roku pierwszym z wyboru prezydentem Rosji, największej z republik wchodzących w skład ZSRR. Po nieudanym zamachu stanu, mającym obalić ówczesnego prezydenta ZSRR Michaiła Gorbaczowa w sierpniu tego samego roku, jego pozycja umacniała się.
8 grudnia wspólnie z przywódcami Białorusi i Ukrainy - Stanisławem Szuszkiewiczem i Leonidem Krawczukiem - podpisał w białoruskiej wsi Wiskuli w Puszczy Białowieskiej traktat o rozwiązaniu ZSRR i powołaniu na jego miejsce Wspólnoty Niepodległych Państw. Układ białowieski ostatecznie zatwierdził rozpad Związku Socjalistycznych Republik Radzieckich.
Wcześniej Jelcyn robił karierę w Komunistycznej Partii Związku Radzieckiego (KPZR), do której wstąpił w 1961 r. W drugiej połowie lat 70. był sekretarzem komitetu obwodowego KPZR w Swierdłowsku, a od roku 1985 do 1987 szefem partii w Moskwie, dokąd ściągnął go Michaił Gorbaczow.
Pierwsze lata u władzy były dla Jelcyna pasmem sukcesów. Stanowił rękojmię tego, że nie powróci komunizm. Brał udział we wprowadzaniu podstaw rosyjskiej demokracji, gwarantując wolność słowa i prawo do własności. Wprowadził wielopartyjne wybory, stworzył sektor prywatny i zachęcał zagranicznych biznesmenów do inwestowania w Rosji.
Ale jednocześnie to on wysłał w 1994 r. po raz pierwszy, a w 1999 r. po raz drugi wojska rosyjskie do Czeczenii. Konflikt ten niczego nie rozwiązał, a zginęły w nim dziesiątki tysięcy osób.
W polityce zagranicznej zapewnił niepodległość krajom sąsiadującym z Rosją oraz nadzorował redukcję broni i wojsk w tych krajach. Próbował odbudować pozycję Rosji na arenie międzynarodowej. Utrzymywał bardzo dobre stosunki z kanclerzem Niemiec Helmutem Kohlem i prezydentem USA Billem Clintonem. Kategorycznie, choć bezskutecznie, sprzeciwiał się rozszerzeniu NATO na wschód.
Schorowany Jelcyn ustąpił ze stanowiska prezydenta po ośmiu latach urzędowania 31 grudnia 1999 r. Ogłaszając swoją decyzję w telewizji, w niczym nie przypominał żywiołowego przywódcy, który w czasie puczu w 1991 roku, stojąc na czołgu, bronił dostępu do gmachu Rady Najwyższej Rosyjskiej Federacyjnej Socjalistycznej Republiki Radzieckiej.
Po jego ustąpieniu pełniącym obowiązki prezydenta państwa został Władimir Putin.
W ostatnich latach prezydentury Jelcyn borykał się z poważnymi kłopotami zdrowotnymi, m.in. z nerkami, z płucami i z sercem.
Po latach Rosjanie pamiętają go jako przywódcę, który przyczynił się do kryzysu w kraju. Za jego prezydentury dochód na mieszkańca spadł o 75 proc., a liczba ludności zmalała o 2 mln, w znacznej mierze z powodu słabej jakości państwowej służby zdrowia.
Były prezydent Ukrainy Leonid Krawczuk nazwał Jelcyna postacią historyczną i dodał, że jego śmierć jest wielką stratą zarówno dla Rosji, jak i wielu krajów, które wiele mu zawdzięczają.
W podobnym tonie wypowiedział się trzeci z przywódców, którzy podpisali w 1991 roku porozumienie białowieskie, Stanisław Szuszkiewicz. Zdaniem byłego przewodniczącego Rady Najwyższej Białorusi, Borys Jelcyn pracował w trudnej i specyficznej sytuacji, ale zawsze działał godnie i rozsądnie. Jak dodał Szuszkiewicz, popierał on "wiele działań Jelcyna, które były czasem krytykowane", np. "kroki zmierzające do rozwiązania parlamentu w 1993 roku".
Były prezydent ZSRR Michaił Gorbaczow podkreślił, że zmarły polityk "ma na koncie ogromne zasługi dla kraju, ale także poważne błędy". Przypomniał też "tragiczne przeznaczenie" Jelcyna, nawiązując w ten sposób do zainicjowanych przez niego reform demokratycznych i gospodarczych oraz do jego decyzji o rozwiązaniu Związku Radzieckiego.
Kondolencje do wdowy po Borysie Jelcynie wystosował Biały Dom. Rzecznik działającej przy Białym Domu prezydenckiej Rady Bezpieczeństwa Narodowego Gordon Johndroe nazwał Jelcyna "historyczną postacią w czasach wielkiej przemiany i wyzwania dla Rosji". Z kolei minister obrony USA Robert Gates nazwał Jelcyna "pamiętną postacią współczesnej historii".
Były prezydent George H.W. Bush, ojciec obecnego prezydenta USA, z wielkim sentymentem wspomina Borysa Jelcyna. "Jedną z największych radości mojej prezydentury była współpraca z Borysem Jelcynem" - oświadczył. "Nikt nie powinien zapomnieć jego odwagi, kiedy przeciwstawił się spiskowcom - organizatorom zamachu stanu, aby uratować prezydenta Gorbaczowa i uratować marsz Rosji ku demokracji".
Przewodniczący Komisji Europejskiej Jose Manuel Barroso podkreślił, że Jelcyn "z całą pewnością zbliżył Wschód i Zachód, a także pomógł zastąpić konfrontację współpracą". Jego zdaniem Jelcyn "zostanie najlepiej zapamiętany jako ten, który przeciwstawił się zamachowi stanu" w sierpniu 1991.
Wspominając Jelcyna były prezydent Litwy Algirdas Brazauskas ocenił, "że jednym z jego najważniejszych posunięć było sprzeciwienie się ówczesnemu reżimowi, ówczesnemu kierownictwu partii". "Udzielił nam ogromnego wsparcia w 1989 roku(...) Gdyby nie Jelcyn, mielibyśmy olbrzymie problemy z wycofaniem (rosyjskich) sił zbrojnych" - powiedział Brazauskas.
O Jelcynie z uznaniem wypowiedziała się kanclerz Niemiec Angela Merkel, która nazwała go odważnym bojownikiem o demokrację i wolność oraz przyjacielem Niemiec.
Zdaniem byłego kanclerza Niemiec Helmuta Kohla, "nie sposób przecenić jego (Jelcyna) zasług dla stosunków rosyjsko-niemieckich i pokoju światowego".
Polacy ze smutkiem przyjęli wiadomość o śmierci Borysa Jelcyna; Rosja, Europa i świat stracili wybitnego polityka - napisał prezydent Lech Kaczyński w depeszy kondolencyjnej wystosowanej do prezydenta Rosji Władmira Putina. "W naszym kraju żywa jest pamięć o Jego zasługach dla budowy nowej Rosji i jej roli w Europie i świecie, a także o Jego roli w konstruowaniu nowych standardów polsko-rosyjskich stosunków dwustronnych" - napisał Lech Kaczyński.
Minister spraw zagranicznych Anna Fotyga zauważyła, że obecnie "w jakimś sensie" brakuje w Rosji takich polityków jak Borys Jelcyn, gotowych do współpracy z Polską. Jak oceniła, "Borys Jelcyn wykazał sporą odwagę w swoich działaniach wobec Polski. W jakimś sensie tego typu działań, nastrojów i woli do współpracy z Polską brakuje nam na obecnym etapie".
Ambasador Polski w Moskwie w latach 1989-1996 Stanisław Ciosek nazwał zmarłego prezydenta "człowiekiem wielkich przemian". "Był jednocześnie tym, który burzył imperium Związku Radzieckiego, a jednocześnie tworzył Federację Rosyjską. On był autorem Rosji" - powiedział Ciosek.
Wypowiadając się dla TVN24, były premier Tadeusz Mazowiecki podkreślił "dwie rzeczy pozytywne": to, że "w rozmowach z prezydentem Lechem Wałęsą (Jelcyn) zgodził się na wycofanie wojsk radzieckich z Polski, i jego przeciwstawienie się puczowi (Giennadija) Janajewa". Jak ocenił jednak, Jelcyn "na pewno" nie był demokratą. "Nasze kontakty lepsze były za czasów Jelcyna, bo za (Władimira) Putina są dość zamrożone" - zauważył Mazowiecki.ab, pap