Generał w październiku 2006 r. skierował do sądu pozew o ochronę dóbr osobistych. Skarży wypowiedzi Macierewicza z okresu, gdy był on odpowiedzialny za likwidację Wojskowych Służb Informacyjnych. Mówił wtedy, że służby te w okresie, gdy kierował nimi Dukaczewski, dopuszczały się przestępstw.
Macierewicz na przełomie września i października 2006 r., przedstawiając pierwsze ustalenia dotyczące likwidacji tych służb, powiedział m.in., że przez 15 lat istnienia WSI dopuszczały się bezprawnych działań wobec świata mediów, polityki i gospodarki. Dodał, że w WSI są "ślady zewnętrznych inspiracji", m.in. "z bloku wschodniego". Zapowiedział też doniesienia do prokuratury w sprawie "przestępczych działań". Według Macierewicza, za nieprawidłowości w WSI odpowiada m.in. ich szef za rządów SLD - gen. Dukaczewski.
Podczas środowej rozprawy zeznawał Macierewicz. Likwidator WSI stawił się w środę w sądzie, wcześniej kilka razy nie był obecny na rozprawach. Ostatnio sąd zagroził, że jeśli ponownie będzie nieobecny, nie uwzględni jego zeznań.
Macierewicz nie zakwestionował prawdziwości swoich wypowiedzi, które skarży Dukaczewski. Powiedział, że je podtrzymuje, bo tak jak zostały sformułowane i zapisane, są zgodne z prawdą. W jego ocenie w pozwie jego słowa zostały zmanipulowane, by stworzyć takie sformułowania, których nigdy nie użył.
"Działałem jako wiceminister obrony narodowej, przewodniczący komisji weryfikacyjnej, obarczony odpowiedzialnością za likwidację WSI i weryfikację jej żołnierzy, funkcjonariuszy i pracowników" - mówił Macierewicz.
Powiedział, że wymieniając nazwisko Dukaczewskiego, nie chciał naruszyć jego osobistych dóbr, a przywołał go jedynie ze względu na stanowisko, które pełnił. "Gdyby był porucznikiem, nie byłoby powodu, by przytaczać jego nazwisko. Był szefem, a w wojsku obowiązuje hierarchia, co czyni go odpowiedzialnym za działanie tej służby" - uważa Macierewicz.
Adwokat Dukaczewskiego, Joanna Sochacka pytała go na jakich dokumentach - skoro nie było jeszcze raportu z weryfikacji WSI (pojawił się w lutym 2006) - oparł swoje wypowiedzi o tym, że za całe zło w WSI odpowiedzialny jest Dukaczewski. Pytała też czy wie jak długo istniały WSI i jak długo ich szefem był generał.
Macierewicz powiedział, że w tamtym okresie były już założenia raportu, które wynikały "z przejrzenia setek, a może i tysięcy dokumentów" oraz "wyznań oficerów WSI", którzy stawali przed komisją weryfikacyjną. Przyznał, że w istniejących przez 15 lat WSI Dukaczewski szefem był przez cztery lata - od końca 2001 do końca 2005 r.
Podkreślił, że jego intencją, podczas konferencji prasowej i wywiadu radiowego, nie było godzenie w szczególne dobra Dukaczewskiego. "Było moją intencją ujawnienie przestępczej działalności WSI" - powiedział. Podkreślił, że wtedy nie ujawnił żadnych nowych faktów, tylko autorytetem wiceministra obrony i weryfikatora WSI potwierdził już podawane przez media informacje.
Sochacka, w imieniu Dukaczewskiego, zadeklarowała przed sądem gotowość zawarcia ugody z Macierewiczem. Macierewicz miałby przeprosić Dukaczewskiego, a generał zrezygnowałby z żądania wpłaty 10 tys. zł na dom dziecka. Macierewicz nie przyjął takiej propozycji ugody.
Szef Służby Kontrwywiadu Wojskowego po wyjściu z sali sądowej powiedział dziennikarzom, iż oczekuje, że to Dukaczewski przeprosi Polaków za udział w szkoleniu w GRU w Moskwie, w którym uczestniczył. W ocenie Macierewicza, udział Dukaczewskiego i innych oficerów w takim szkoleniu nie pozwala im zajmować ważnych stanowisk w państwie. "To byłoby jak zakładanie sobie przez państwo polskie pętli na szyję" - mówił.
Macierewicz wywodził, że informacje o szkoleniu w Moskwie były ukrywane, a sam Dukaczewski po objęciu funkcji zakończył wewnętrzne działania w WSI, które miały wykryć wszystkie osoby, które szkolenie w b. ZSRR przeszły.
Dukaczewski powiedział, że w dwumiesięcznym kursie GRU uczestniczył w lipcu i sierpniu 1989 r. - był to jeden z ostatnich kursów, na które mogli przyjechać Polacy - i został tam wysłany przez ówczesnych przełożonych. Przypomniał, że informacji o udziale w tym szkoleniu nigdy nie krył, jest ona w jego dokumentach kadrowych. Zaznaczył, że nigdy nie miał żadnego problemu z uzyskaniem dopuszczenia do tajemnic oraz krajowych jak i zagranicznych - natowskich i europejskich - certyfikatów bezpieczeństwa. Posiada je również teraz - ostatnie wydane w 1998 r., a więc grubo po szkoleniu w Moskwie.
Suchocka pytała podczas rozprawy, jaki przepis pozwala ograniczyć prawa człowieka, który przeszedł szkolenie w Moskwie. W ocenie Macierewicza nie pozwalają na to przepisy ustawy o ochronie informacji niejawnych. Sąd, na wniosek Suchockiej, zobowiązał Macierewicza, by przedstawił na kolejnej rozprawie jakie konkretnie przepisy ma na myśli.
Dziennikarze na chwilę musieli wyjść z sali, gdy Macierewicz odpowiadał na pytanie czy przed przekazaniem raportu weryfikacyjnego - od lipca do początku października 2005 - informował prezydenta i premiera o nieprawidłowościach w WSI. W odpowiedzi na jedno z pytań przyznał, że w chwili powołania nie wszyscy członkowie komisji weryfikacyjnej mieli certyfikat dopuszczający do tajemnic. Zaznaczył jednak, że gdy faktycznie ich do tych tajemnic dopuszczano, każdy taki certyfikat już posiadał.
Od 1 października działają utworzone w miejsce WSI Służba Kontrwywiadu Wojskowego (SKW) i Służba Wywiadu Wojskowego (SWW). Nadal działa komisja weryfikacyjna, sprawdzająca prawdziwość oświadczeń żołnierzy WSI o tym, czy wiedzieli o przestępczych działaniach WSI lub sami w nich uczestniczyli.
Macierewicz jest szefem Służby Kontrwywiadu Wojskowego. Nadal kieruje też pracami komisji weryfikującej b. żołnierzy WSI.
Dukaczewski z końcem lutego przeszedł na emeryturę. Generał, który był szefem WSI w latach 2001-05, od grudnia 2005 r. pozostawał w dyspozycji ministra obrony. Oprócz rozpatrywanego w środę pozwu złożył też przeciw Macierewiczowi zawiadomienia w innych sprawach - również wynikających z raportu weryfikacyjnego WSI.
ab, pap