Sąd orzekł wobec oskarżonego także trzyletni zakaz zajmowania stanowisk w administracji publicznej.
Według sądu oskarżony, jako komendant główny policji, miał obowiązek zawiadomić właściwą prokuraturę o przestępstwie "przecieku" informacji. Niewystarczające było telefoniczne powiadomienie prokuratury, którego celem było uprzedzenie, że może dojść do "klęski" operacji specjalnej.
"Wprawdzie informacje o przecieku zostały przekazane prokuraturze, ale było to powiadomienie bardziej dotyczące ostrzeżenia, że operacja specjalna komplikuje się, a nie że konkretna osoba popełniła przestępstwo" - powiedziała w jawnej części uzasadnienia wyroku sędzia Dorota Baran.
Według sądu, treści składanych przez komendanta zeznań nie są jednakowe i wskazują na to, że oskarżony zatajał przed przesłuchującymi go prokuratorami informacje ważne dla toczącego się postępowania karnego.
W ocenie sądu, stopień winy i społecznej szkodliwości czynu popełnionego przez Kowalczyka jest bardzo wysoki. Zdaniem sądu, swoim zachowaniem oskarżony wyrządził szkodę wymiarowi sprawiedliwości.
Większość uzasadnienia wyroku sąd ogłosił za zamkniętymi drzwiami, ze względu na konieczność zachowania tajemnicy państwowej i służbowej.
Wyrok nie jest prawomocny. Kowalczyk powiedział po jego ogłoszeniu dziennikarzom, że jest zaskoczony i będzie się odwoływał.
Prokuratura Okręgowa w Rzeszowie zarzuciła generałowi niedopełnienie obowiązku służbowego oraz składanie fałszywych zeznań podczas śledztwa dotyczącego tzw. przecieku starachowickiego. Według prokuratury, Kowalczyk, jako komendant główny policji, nie poinformował prokuratury o popełnieniu przestępstwa ściganego z urzędu. Chodzi o wyciek tajnych informacji z Ministerstwa Spraw Wewnętrznych i Administracji o planowanej akcji policji przeciw grupie przestępczej w Starachowicach. Drugi z zarzutów dotyczy wielokrotnego składania fałszywych zeznań przez generała i zatajania prawdy w Prokuraturze Okręgowej w Kielcach.
W marcu 2006 r. Sad Rejonowy w Kielcach uniewinnił Kowalczyka uznając, że nie informując prokuratury o "przecieku" informacji o planowanej akcji CBŚ w Starachowicach i składając fałszywe zeznania, realizował on swoje prawo do obrony. Przyjął też, że b. szef policji był pierwszym źródłem wycieku i zasugerował, że można by go oskarżyć za ujawnienie tajemnicy państwowej. Taka konstrukcja prawna uznająca, że doszło do przestępstwa, ale oskarżony nie ponosi za nie odpowiedzialności, nazywa się kontratypem.
Sąd Okręgowy w Kielcach miał badać apelację prokuratury od wyroku I instancji, ale zadał pytanie prawne SN: czy można skazać za fałszywe zeznania świadka, który złożył je z obawy przed postawieniem mu zarzutów w sprawie pozostającej w bezpośrednim związku z innym procesem, w którym składał zeznania.
Sąd Najwyższy - badający w wyjątkowym trybie apelację prokuratury - zakwestionował istnienie kontratypu i uznał, że nie może być mowy o przestępstwie Kowalczyka, bo ówczesny wiceszef MSWiA Zbigniew Sobotka był uprawniony do otrzymywania tajnych informacji i nadzorował policję. SN uchylił wyrok i zwrócił sprawę do ponownego rozpatrzenia.
SN ustalił, że Antoni Kowalczyk nie mógł popełnić przestępstwa ujawnienia tajemnicy państwowej, co jednak nie oznacza, że nie można go skazać za fałszywe zeznania i przekroczenie uprawnień, o co go oskarżono. Rzecz w tym, że zachowań tych nie można usprawiedliwić obawą przed odpowiedzialnością za ujawnienie tajemnicy, albowiem nie było to przestępstwem. Z tego tylko powodu uchylono wyrok uniewinniający jako oparty na wadliwym prawnie założeniu. Kwestii ustaleń faktycznych w nowym procesie i wyniku tego procesu nie przesądzono.
W wyroku SN zaznaczył, że paradoksalnie może się okazać, iż Kowalczyk uzyska znów wyrok uniewinniający, i to jeszcze korzystniejszy, bo stwierdzający, że nie popełnił żadnego przestępstwa.
Sprawa "przecieku" dotyczy wydarzeń z marca 2003 roku. Według ustaleń sądów w Kielcach i Krakowie, ówczesny wiceminister SWiA Zbigniew Sobotka uzyskał od gen. Kowalczyka informacje o tajnej akcji CBŚ przeciwko starachowickim przestępcom. Przekazał je następnie posłowi SLD Henrykowi Długoszowi, a ten posłowi Andrzejowi Jagielle. Informacja o zamiarach policji dotarła do dwóch samorządowców starachowickich, a następnie do osoby podejrzewanej o kierowanie rozpracowywaną grupą przestępczą - Leszka S.
W 2005 r. w procesie dotyczącym wycieku tajnych informacji o planowanej policyjnej akcji zostali skazani byli posłowie Jagiełło i Długosz - odpowiednio na rok i półtora roku więzienia - oraz były wiceszef MSWiA Zbigniew Sobotka - na 3,5 roku więzienia. Sobotkę w grudniu 2005 r. ułaskawił odchodzący prezydent Aleksander Kwaśniewski, który złagodził mu karę do roku więzienia w zawieszeniu na 2 lata. Jagiełło w październiku 2006 roku, a Długosz we wrześniu 2007 roku - warunkowo opuścili więzienie przedterminowo po odbyciu połowy kary.ab, ss, pap