W precedensowym, choć nieprawomocnym wyroku Sąd Okręgowy w Warszawie uznał, że ustawowe procedury przewidujące publikację raportu - ujawnionego w lutym 2007 r. przez prezydenta RP - nie spełniają norm rzetelności, gdyż nie zawierają gwarancji obrony interesu jednostki.
Uwzględniając w całości pozew Nowakowskiego, sąd nakazał Skarbowi Państwa, reprezentowanemu przez MON, przeprosiny na pierwszych stronach "Gazety Wyborczej", "Rzeczpospolitej" i "Dziennika", w oświadczeniu nie mniejszym niż 1/20 strony, za "nieprawdziwe informacje" z raportu na temat powoda oraz wpłatę dlań 30 tys. zł zadośćuczynienia. MON ma też zwrócić powodowi 4,8 tys. zł kosztów procesu.
Według sądu, cywilna droga dochodzenia praw przez osoby z raportu "nie jest najdogodniejsza", m.in. dlatego, że MON nie ujawniło sądowi tajnych materiałów źródłowych WSI co do Nowakowskiego. Wobec tego, sąd dał wiarę zeznaniom powoda.
Jak poinformował rzecznik MON Robert Rochowicz, resort będzie odwoływał się od wyroku. "Ministerstwo Obrony Narodowej, mimo iż z zadowoleniem przyjęło wyrok sądu w zakresie oczyszczenia Jerzego Marka Nowakowskiego z zarzutu figurowania na liście agentów WSI, to będzie się odwoływać od tego, ale także od wszystkich przyszłych wyroków, ponieważ obecne kierownictwo resortu nie zamierza ponosić konsekwencji finansowych spowodowanych przez niekompetentne działania byłego wiceministra ON Antoniego Macierewicza" - napisano w oświadczeniu.
Raport, sygnowany przez ówczesnego szefa komisji weryfikacyjnej WSI Antoniego Macierewicza, wymieniał Nowakowskiego wśród osób tajnie współpracujących z WSI w zakresie wykraczających poza obronność państwa i bezpieczeństwo wojska.
Podano tam, że jako konsultant WSI w 2002 r., pod pseud. Falkowski, "informował o swoim zaangażowaniu w działalność prawicowych organizacji politycznych, w tym w ugrupowaniu Kazimierza M. Ujazdowskiego (SKL)". Miał informować "o swojej aktywności w PiS oraz o spotkaniach przedstawicieli PO i PiS w związku z wyborami samorządowymi w 2002 r. Ponadto miał też prognozować wówczas, "iż współpraca PiS z PO nie utrzyma się".
Nowakowski - b. minister w kancelarii premiera Jerzego Buzka - przyznawał, że był konsultantem wojskowych służb w latach 90., ale tylko w sprawach polityki zagranicznej. Dodawał, że pisał dla WSI, ale również innych instytucji państwowych i wywiadu cywilnego, opracowania głównie na temat sytuacji na Wschodzie.
Jako jeden z pierwszych pozwał MON do sądu, żądając przeprosin za "kłamliwe informacje" nt. jego "rzekomej pracy" dla WSI "w zakresie działań wykraczających poza sprawy obronności państwa i bezpieczeństwa sił zbrojnych RP" oraz 30 tys. zł zadośćuczynienia.
Sąd uwzględnił pozew, uznając, że dobra osobiste powoda zostały naruszone "w sposób oczywisty", a działanie pozwanego było bezprawne. Sąd zmienił tylko w żądanym tekście przeprosin słowa "kłamliwe informacje" na "nieprawdziwe".
W ustnym uzasadnieniu wyroku sędzia Jacek Sadomski mówił, że opinia publiczna jednoznacznie oceniła informacje z raportu, a powód jawił się w jego świetle "jako osoba, która w pewien sposób w nieprawidłowościach i nadużyciach WSI uczestniczyła".
Sąd odrzucił argumentację MON, które twierdziło, że nie jest właściwym pozwanym, bo komisja weryfikacyjna WSI - która przygotowała raport - nie podlegała MON, a raport przygotowano na podstawie specjalnej ustawy.
Sędzia wyjaśnił, że rzetelna procedura ustawowa w państwie prawa powinna zawierać takie gwarancje obrony interesu jednostki - bez konieczności odwoływania się przez nią do sądu. Tymczasem Nowakowski ani nie mógł się wcześniej zapoznać z materiałem o sobie, ani też odwołać się do określonego organu.
Sąd powołał się też na "wolę projektodawcy ustawy" przewidującej ujawnienie raportu, gdyż reprezentujący projektodawcę - prezydenta RP Lecha Kaczyńskiego - Aleksander Szczygło podczas prac w parlamencie mówił w listopadzie 2006 r., że każda osoba "może wystąpić na drogę sądową".
"Jeśli przyjąć takie założenie projektodawcy, to w tym postępowaniu przedstawiciel państwa polskiego nie może się powoływać na to, że sąd cywilny jest pozbawiony niejako merytorycznej oceny tej sprawy" - dodał sędzia.
Ponadto sąd przypomniał, że już w czerwcu 2007 r. Rzecznik Praw Obywatelskich Janusz Kochanowski zwracał uwagę Szczygle, ówczesnemu szefowi MON, że osoby z raportu nie mają prawnych możliwości kwestionowania jego ustaleń i odwołania się od rozstrzygnięć komisji weryfikacyjnej. Wskazywał też, że konieczna jest możliwość prostowania nieścisłości raportu.
Według sądu, jeśli państwo decyduje się na opublikowanie raportu opartego na tajnych materiałach, to sąd oczekiwał, że strona pozwana odtajni akta Nowakowskiego - co umożliwiłoby sądowi "wszechstronną ocenę raportu". "Przedstawiciel skarbu państwa wiele razy mówił, że nie jest to możliwe" - dodał sędzia. Zdaniem sądu, państwo polskie powinno było przewidzieć możliwość ujawnienia tych akt.
Pełnomocnik MON Mirosław Moch nie potrafił powiedzieć, czy będzie apelacja. Zapewnił, że MON wystąpiło do komisji weryfikacyjnej o akta Nowakowskiego, ale bez odpowiedzi.
Sam Nowakowski wyraził satysfakcję z wyroku, dodając "że raport był siekierą na politycznych przeciwników". Ma on nadzieję, że gdy szef MON otrzyma jego akta z komisji weryfikacyjnej, to je ujawni. Zapowiedział, że "chyba nie podałby ręki" Macierewiczowi; dodał, że ma też pretensje do Lecha Kaczyńskiego - za to, że z motywów politycznych "dali wiarę oczywistej bzdurze".
Wyraził przekonanie, że teraz prezydent nie ujawni aneksu do raportu WSI, bo on sam "nie chce płacić ze swoich podatków" o wiele wyższych odszkodowań dla tuzów polskiego biznesu, którzy - według mediów - mieliby się znaleźć w tym aneksie.
WSI przestały istnieć 30 września 2006 r. Nieprawidłowości WSI opisano w ujawnionym w lutym 2007 r. przez prezydenta Lecha Kaczyńskiego raporcie z weryfikacji WSI. Na podstawie raportu wszczęto kilka nowych śledztw w sprawie przestępstw WSI.
Toczy się kilkanaście procesów wytaczanych za raport MON lub Macierewiczowi, m.in. z powództwa Zygmunta Solorza i Piotra Nurowskiego z Polsatu, założycieli ITI Mariusza Waltera i Jana Wejcherta, Andrzeja Grajewskiego, Jarosława Szczepańskiego (dziś szef biura prasowego Sejmu), Milana Suboticia. Sądy uznają, że Macierewicz nie może być, jako osoba fizyczna, pozywany za raport, bo był on dokumentem urzędowym, a wtedy pozywać można tylko organ państwa.
Od października 2007 r. Prokuratura Okręgowa w Warszawie prowadzi śledztwo w sprawie domniemanego niedopełnienia obowiązków przy tworzeniu raportu - z doniesienia osób i instytucji wymienionych w raporcie m.in. jako agenci WSI.pap, ss, ab