Państwowa Komisja Wyborcza początkowo odmówiła rejestracji kandydatury Andrzeja Leppera w wyborach prezydenckich. Podstawą odmowy była informacja z Krajowego Rejestru Karnego, że był on skazany prawomocnym wyrokiem na karę pozbawienia wolności za przestępstwo z oskarżenia publicznego. Chodzi o wyrok za znieważenie ówczesnego szefa MSZ Włodzimierza Cimoszewicza z 2006 r. Decyzja ta została jednak przez PKW uchylona następnego dnia, kiedy PKW otrzymała wiadomość, że w lipcu 2009 roku Sąd Najwyższy wznowił to postępowanie - sprawa znieważenia Cimoszewicza została przekazana do ponownego rozpatrzenia, a następnie Sąd Okręgowy w Warszawie umorzył w grudniu 2009 r. postępowanie w tej sprawie z powodu przedawnienia.
To nie jedyny wyrok, jaki ma na swoim koncie szef Samoobrony. W lipcu 2008 r. wydając wyrok w sprawie wysypywania zboża na tory Sąd Okręgowy Warszawa-Praga ujawnił, że Lepper był już sześć razy prawomocnie skazany, m.in. za fałszywe oskarżenie, groźby bezprawne, znieważenie prezydenta i funkcjonariuszy państwowych oraz organów konstytucyjnych. W listopadzie 2009 r. Sąd Okręgowy w Piotrkowie Tryb. - jako sąd I instancji - skazał Leppera na 2 lata i 3 miesiące pozbawienia wolności w procesie ws. "seksafery" w Samoobronie. Wyrok nie jest jednak prawomocny.
Lepper, gdy ogłaszał start w tegorocznych wyborach prezydenckich, przekonywał, że przewidziane w konstytucji ograniczania związane z karalnością kandydata, nie dotyczą go, bo - jak mówił - nie ciąży na nim wyrok za przestępstwo umyślne ścigane z oskarżenia publicznego.
Andrzej Lepper wkroczył na scenę publiczną na początku lat 90, gdy zaczął występować w imieniu rolników i mieszkańców wsi niezadowolonych z dotykających ich konsekwencji przemian rynkowych.
Urodzony w czerwca 1954 r. absolwent Technikum Rolniczego w młodości zawodowo uprawiał boks; pracował Stacji Hodowli Roślin w Górzynie, a także w PGR w Rzechcinie oraz Państwowym Ośrodku Hodowli Zarodowej w Kusicach.
W latach 1977-1980 Lepper należał do PZPR. W 1992 r. założył Związek Zawodowy Rolnictwa Samoobrona, a w 2000 roku partię polityczną - Samoobrona RP. Zasłynął przede wszystkim z organizowania rolniczych blokad dróg i nawoływania do niespłacania zaciągniętych kredytów. W 1994 r. został oskarżony o podżeganie do użycia siły wobec zarządcy gospodarstwa ogrodniczego w Kobylnicy Słupskiej. Zwolennicy Leppera wychłostali wtedy zarządcę i ogolili mu głowę. Sąd skazał za to lidera Samoobrony na 1,5 roku więzienia w zawieszeniu na trzy lata.
Wokół Leppera zrobiło się też głośno, gdy w 1999 r. miał być przesłuchany w Łodzi w sprawie znieważenia rządu i b. wicepremiera Janusza Tomaszewskiego. Po kolejnym niestawieniu się przed sądem, ten wydał za nim list gończy. Lepper został zatrzymany na przejściu granicznym.
Przeciwko Lepperowi toczyło się wiele innych postępowań karnych, głównie pod zarzutami zniewagi, pomówienia i niszczenia mienia, organizowania blokad dróg i przejść granicznych oraz naruszania porządku publicznego. Został kilkakrotnie skazany przez kolegia ds. wykroczeń.
W kierowanej przez siebie partii Lepper sprawował autorytarne przywództwo. Odpowiadając na zarzuty o niedemokratyczny styl rządzenia partią zapewniał: "Demokracja jest w klubie Samoobrony, wszyscy wybrali Andrzeja Leppera". Mówił o sobie, że jest twardym i zdecydowanym przywódcą. "Ludzie mają dość tych wszystkich politycznych rozmazańców: kombinatorów z SLD, skoczków z PO, przechrztów z PiS czy gamoni z PSL. Chcą kogoś zdecydowanego i twardego. Ja taki jestem i za takiego mnie uważają" - przekonywał.
Lider Samoobrony znany jest z kontrowersyjnych i kwiecistych wypowiedzi. Jego sztandarowym hasłem przez długi czas było hasło: "Balcerowicz musi odejść" oraz: "Wszyscy oni już rządzili i rozkradli Polskę". "Polityk taki jak ja musi dbać o dwie dziedziny: więziennictwo i szpitalnictwo. Prędzej czy później trafi w jedno z tych miejsc" - mówił Lepper. "Złoty pierścień Ojca Świętego zardzewiał od judaszowych pocałunków Millera i Krzaklewskiego" - to kolejna kontrowersyjna wypowiedź szefa Samoobrony.
Trzykrotnie bez powodzenia kandydował w wyborach prezydenckich - w 1995 roku zdobył 1,32 proc. poparcia; w 2000 r. - 3,05 proc. poparcia; w 2005 r. zdobył trzecie miejsce - 15,11 proc. (w drugiej turze poparł kandydata PiS - Lecha Kaczyńskiego).
W wyborach parlamentarnych we wrześniu 2001 r., w których Samoobrona otrzymała 10,2 proc. głosów, Lepper został posłem na Sejm IV kadencji. "Samoobrona jest biczem bożym na to, co się dzieje w Polsce" - mówił Lepper po wejściu jego partii do parlamentu. "Wersal się skończył w dniu, kiedy Samoobrona weszła do Sejmu" - podkreślał.
W nowym Sejmie na krótko objął funkcję wicemarszałka Izby. Jednak po tym, jak uniemożliwił eksmisję kupców z włocławskiego rynku oraz oskarżył z trybuny sejmowej kilku polityków o przyjęcie wysokich łapówek, pod koniec listopada 2001 r. został odwołany z tej funkcji (oskarżenie o łapówki skończyło się wyrokiem sądowym dla Leppera).
W Sejmie IV kadencji, Lepper był wielokrotnie upominany za naruszanie zasad etyki poselskiej. Główne powody tych upomnień to pomówienia pod adresem prezydenta Aleksandra Kwaśniewskiego, prezesa NBP Leszka Balcerowicza i Włodzimierza Cimoszewicza.
"To łobuz, bandyta ekonomiczny, zniszczył Polskę. Dopóki ta bestia będzie w Narodowym Banku Polskim, nic się w kraju nie zmieni", "Balcerowicz nie to, że musi odejść, on powinien wszystkie swoje dni do końca spędzić w obozie pracy" - mówił o Balcerowiczu. "To szmaciarz" - o Kwaśniewskim. "Arogancja, buta, chamstwo z niego przebija takie, że ja dziwię się, kto był za tym, żeby taka kanalia była ministrem spraw zagranicznych" - tak mówił o Cimoszewiczu.
Pod koniec października 2005 r. w Sejmie V kadencji ponownie został wybrany na stanowisko wicemarszałka Sejmu.
W 2006 roku Samoobrona weszła do rządu. Umowę koalicyjną z PiS Samoobrona podpisała, gdy premierem był Kazimierz Marcinkiewicz. Do porozumienia dołączyła LPR i 5 maja 2006 r. powstał koalicyjny rząd PiS-Samoobrona-LPR kierowany przez Marcinkiewicza. Lepper został wicepremierem i ministrem rolnictwa. 10 lipca doszło do zmiany na stanowisku szefa rządu - objął je Jarosław Kaczyński.
Do kryzysu w relacjach PiS - Samoobrona doszło kilka miesięcy później w czasie prac nad budżetem na 2007 r. 22 września w atmosferze wzajemnych zarzutów między politykami koalicji, na wniosek premiera Jarosława Kaczyńskiego, prezydent Lech Kaczyński odwołał Leppera z funkcji w rządzie. Niedługo potem rozpoczęły się rozmowy o powrocie Samoobrony do koalicji - Lepper powrócił do rządu w październiku, powtórnie zostając wicepremierem i szefem resortu rolnictwa. 9 lipca 2007 r. prezydent odwołał Leppera z funkcji wicepremiera i ministra rolnictwa, gdy ówczesny premier Jarosław Kaczyński uznał go za "osobę w kręgu podejrzeń" w związku z tzw. aferą gruntową. Chodziło o operację CBA dotyczącą kontrolowanego wręczenia łapówki dwóm osobom oskarżonym o powoływanie się na wpływy w resorcie rolnictwa. Oferowali oni podstawionemu agentowi CBA odrolnienie ziemi w gminie Mrągowo za łapówkę. Operacja zakończyła się nie tak, jak planowało CBA, bo - jak początkowo przyjęła prokuratura - Lepper został uprzedzony o akcji i odwołał spotkania.
Afera gruntowa jest jednym z punktów, którym zajmuje się sejmowa komisja śledcza - tzw. naciskowa; Lepper zeznawał już na jej posiedzeniu. Szef Samoobrony wielokrotnie podkreślał, że akcja CBA była wymierzoną w niego prowokacją. W 2009 roku, uzyskał status pokrzywdzonego w śledztwie dotyczącym afery gruntowej.
4 grudnia 2006 w "Gazecie Wyborczej" ukazał się artykuł zatytułowany "Praca za seks", który zapoczątkował tzw. seksaferę. Była radna sejmiku łódzkiego Aneta Krawczyk stwierdziła w nim, że otrzymała pracę na stanowisku dyrektora biura poselskiego w zamian za usługi seksualne świadczone bliskiemu współpracownikowi Leppera - Stanisławowi Łyżwińskiemu i samemu Lepperowi.
Lepper komentował, że wybuch seksafery miał na celu doprowadzenie do usunięcia Samoobrony z koalicji i uniemożliwienia ukrycia afer z lat 90. Zasugerował także próbę zamachu stanu, składając w tej sprawie zawiadomienie do ABW. Pytany na jednej z konferencji czy Aneta Krawczyk może być w przyszłości radną Samoobrony, oparł: "Niech ta pani idzie do partii zboczonych kobiet; ona jest zboczona do potęgi, niech taką partię założy i będzie sama w tej partii, bo myślę, że więcej takich kobiet w Polsce nie ma". "Ja materacem w łóżku Łyżwińskiego nie jestem!" - w ten sposób Lepper odpowiadał na pytania o kontakty Łyżwińskiego z kobietami.
W grudnia 2006, Lepper wykluczył z Samoobrony Łyżwińskiego, zaznaczając również, iż w przypadku uniewinnienia może on powrócić do partii. Opowiedział się za zaostrzeniem kar za molestowanie seksualne. 8 lutego 2007 badanie DNA Leppera wykazało, iż nie jest on ojcem najmłodszego dziecka Anety Krawczyk - wbrew temu co ta twierdziła. 8 listopada byłemu wicepremierowi, prokurator przedstawił zarzuty przyjmowania korzyści o charakterze seksualnym od Anety Krawczyk i próby doprowadzenia do obcowania płciowego członkini zarządu województwa lubelskiego Agnieszki Kowal.
W lutym 2010 roku nieprawomocnym wyrokiem Sądu Okręgowego w Piotrkowie Trybunalskim, Lepper został skazany na karę 2 lat i 3 miesięcy pozbawienia wolności. Łyżwiński został skazany na 5 lat więzienia za wykorzystywanie działaczek partii i zgwałcenie jednej z nich.
W przedterminowych wyborach w 2007 roku, Lepper bez powodzenia ubiegał się o reelekcję (otrzymał ponad 8 tys. głosów), lista Samoobrony RP nie przekroczyła wynoszącego 5 proc. progu wyborczego. W 2008 roku bezskutecznie kandydował w wyborach uzupełniających do Senatu w okręgu krośnieńskim, uzyskując ponad 3 tys. głosów (4,1 proc. wszystkich oddanych) i zajmując 4. miejsce spośród 12 kandydatów.
W 2004 r. otrzymał tytuł doktora honoris causa Międzynarodowej Akademii Kadr w Kijowie - za osiągnięcia w zbliżaniu narodów polskiego i ukraińskiego. O uczelni tej "Rzeczpospolita" pisała, że jest uznawana na Ukrainie za kuźnię antysemityzmu, obraca sporymi pieniędzmi, pochodzącymi z niejasnych źródeł, jest powiązana finansowo z Iranem i Libią. Lepper określił to jako "kompletną bzdurę". W 2007 roku został honorowym profesorem Międzynarodowej Akademii Kadr w Kijowie. Po uzyskaniu tego tytułu Amerykańsko-Żydowska Liga przeciw Zniesławieniom oraz polskie stowarzyszenie "Nigdy Więcej" skrytykowały go za przyjęcie tego wyróżnienia, argumentując to antysemickim charakterem uczelni.
Lepper opublikował kilka książek, m.in. : "Każdy kij ma dwa końce" (2001 r.), "Lista Leppera" (2002 r.), "Czas barbarzyńców (2005 r.). Wystąpił w dwóch filmach: w komedii Jerzego Gruzy, "Gulczas, a jak myślisz?" oraz w filmie Mariana Eherta "Kto rządzi w Auschwitz". W obu wcielił się w rolę samego siebie.
W 1995 otrzymał Medal Nadziei im. Papieża Jana Pawła II, a następnie Order Świętej Brygidy (przewodniczącym jego Kapituły jest ks. Henryk Jankowski). W 2003 został mu przyznany tytuł "Człowieka Roku" pisma akademickiego "Forum Psychologiczne". W 2001 został w Nowym Jorku odznaczony przez Roberta Kennedy'ego Jr. Medalem im. Alberta Schweitzera przyznanym przez Instytut na rzecz Dobra Zwierząt
Jest żonaty, ma syna i dwie córki.