Nowy prymas ma 71 lat. Urodził się w Jadownikach Mokrych koło Tarnowa. Święcenia kapłańskie przyjął w 1962 roku w Olsztynie. Od 1989 roku pełnił funkcję nuncjusza apostolskiego w Polsce.
Prymas, według statutu Konferencji Episkopatu Polski, ma pierwszeństwo wśród polskich biskupów. Jest również z urzędu członkiem Rady Stałej Episkopatu.
Funkcję nuncjusza apostolskiego w Polsce abp Józef Kowalczyk pełnił ponad 20 lat. W tym czasie doprowadził m.in. do uzgodnienia i podpisania konkordatu, a także przeprowadził nowy podział administracyjny Kościoła w Polsce.
Pierwszym po II wojnie światowej nuncjuszem apostolskim w Polsce ks. Józef Kowalczyk został mianowany 26 sierpnia 1989 r. Sakrę biskupią otrzymał 20 października 1989 r. w Bazylice Świętego Piotra z rąk Ojca Świętego. Dewizą biskupią abp. Kowalczyka stały się słowa: Fiat voluntas Tua ("Bądź wola Twoja"). Listy uwierzytelniające nowy nuncjusz apostolski w Polsce złożył ówczesnemu prezydentowi Wojciechowi Jaruzelskiemu 6 grudnia 1989 r. w Warszawie.
W liście do abp. Kowalczyka w 70. rocznicę urodzin biskupi polscy podkreślili, że "pełniona na przełomie tysiącleci posługa Nuncjusza Apostolskiego ma niewątpliwie charakter przełomowy i historyczny, nieporównywalny z jakimkolwiek innym etapem dziejów Kościoła w Polsce".
Kompetencje nuncjusza określa Kodeks Prawa Kanonicznego. Do zadań legata papieskiego należy reprezentowanie papieża w Kościele partykularnym, a także wobec władz publicznych, do których jest posłany. Głównym zadaniem nuncjusza apostolskiego jest zacieśnianie i umacnianie więzów łączących Stolicę Apostolską i Kościół w danym kraju, informowanie papieża o życiu partykularnego Kościoła, wspieranie biskupów, kontakty z Konferencją Episkopatu, a także przedstawiane papieżowi kandydatów na biskupów.
W czasie posługi abp. Kowalczyka dokonało się kilkadziesiąt zmian na urzędach biskupich. On sam był konsekratorem 11 nowo mianowanych biskupów (m.in. abp. Mariana Gołębiewskiego, bp. Krzysztofa Nitkiewicza oraz biskupów Jana Chrapka i Tadeusza Płoskiego), a także współkonsekratorem 9 biskupów (m.in. kard. Stanisława Nagyego i sekretarza generalnego Episkopatu bp. Stanisława Budzika). Zadaniem nuncjusza jest też pośredniczenie w kontaktach między urzędami Stolicy Apostolskiej a biskupami. Abp Kowalczyk wielokrotnie brał także udział w zebraniach plenarnych Episkopatu.
Abp Józef Kowalczyk kierował pracami przygotowawczymi do nowego podziału administracyjnego Kościoła w Polsce. "Nigdy w przeszłości nie było tak całościowej reorganizacji administracyjnej w Polsce, jak ta przeprowadzona przez Jana Pawła II" - podkreślał. 25 marca 1992 roku Jan Paweł II bullą Totus Tuus Poloniae Populus ustanowił 13 nowych diecezji i 5 nowych metropolii w Polsce. Już wcześniej, 21 stycznia 1991 r., reaktywowano Ordynariat Polowy Wojska Polskiego.
"Wypełniając powierzone mi zadania nuncjusza, starałem się utrzymywać bezpośredni kontakt z życiem duszpasterskim w Polsce i aktywnie w nim uczestniczyć. Dlatego chętnie korzystałem z zaproszeń księży biskupów czy przełożonych zgromadzeń zakonnych męskich i żeńskich, co pozwoliło mi poznać wszystkie diecezje i ogrom pracy duszpasterskiej, wychowawczej, formacyjnej kapłanów, braci i sióstr zakonnych" - mówił abp Kowalczyk, podsumowując swą działalność jako nuncjusza.
Co roku jako przedstawiciel Ojca Świętego wręczał misjonarzom w Gnieźnie podczas uroczystości ku czci św. Wojciecha krzyże misyjne. Rokrocznie przewodniczył też mszy św. w dzień inauguracji pontyfikatu Jana Pawła II, a od 2005 r. - w uroczystość świętych apostołów Piotra i Pawła (29 czerwca), kiedy obchodzony jest Dzień Papieski.
Nuncjusz negocjował i podpisał 28 lipca 1993 r. konkordat pomiędzy Rzecząpospolitą Polską a Stolicą Apostolską, ratyfikowany 23 lutego 1998 r. Składa się on z 29 artykułów i - jak wyjaśnia abp Kowalczyk - zawiera prawne sformułowania podstawowych zasad wzajemnych odniesień Kościoła i państwa w oparciu o zasadę autonomii i niezależności oraz współdziałania dla dobra człowieka w tych dziedzinach, które są im wspólne.
Abp Kowalczyk podjął decyzję o remoncie i rozbudowie siedziby Nuncjatury Apostolskiej w Warszawie, co udało się przeprowadzić dzięki wsparciu Konferencji Episkopatu Polski i wiernych. Nowa część została otwarta, a kaplica poświęcona przez kard. Angelo Sodano, sekretarza stanu Stolicy Apostolskiej, 30 kwietnia 1998 r.
Nuncjusz apostolski jest także dziekanem korpusu dyplomatycznego. 10 czerwca tego roku abp Kowalczyk uroczyście zakończył misję dyplomatyczną nuncjusza apostolskiego w Polsce.
Pierwszym nuncjuszem apostolskim w Polsce był Luigi Lippomano, mianowany przez Juliusza III 13 stycznia 1555 r. Zadaniem nuncjuszy było wówczas wprowadzanie w życie Kościołów w poszczególnych państwach decyzji Soboru Trydenckiego, będących reakcją na spustoszenie, które spowodowała Reformacja. Polska była jednym z pierwszych dziesięciu państw europejskich, z którymi Stolica Apostolska nawiązała pełne, stałe stosunki dyplomatyczne. Kilku nuncjuszy apostolskich rezydującym w Polsce zostało wybranych później papieżami, jak abp Ippolito Aldobrandini, późniejszy Klemens VIII czy abp Achille Ratti, który został papieżem w 1922 r. jako Pius XI.
Po zakończeniu II wojny światowej tzw. Tymczasowy Rząd Jedności Narodowej zerwał 12 września 1945 r. Konkordat. Pierwsze oficjalne kontakty między Stolicą Apostolską a ówczesnym rządem PRL nawiązano w 1971 r.pap, em