Powodem kontroli są podejrzenia nieprawidłowości w Agencji, m.in. liczne przypadki zatrudniania członków rodzin osób zajmujących kierownicze stanowiska. Z ustaleń "Rzeczpospolitej" wynika, że w Agencji zatrudnione są całe rodziny: żona i siostra prezesa agencji Krzysztofa Banaszka, dwie córki i dwóch zięciów dyrektora Biura Zarządzania Przestrzenią Powietrzną i Przygotowania Operacyjnego, syn i żona dyrektora Biura Szkoleń i Rozwoju Personelu, mąż i córka kierowniczki Działu Organizacji i Zarządzania oraz syn głównego księgowego. Pracę w PAŻP znalazła nawet żona doradcy wiceministra infrastruktury Tadeusza Jarmuziewicza, który nadzoruje m.in. Agencję. Średnia pensja wynosi tam 16 tys. zł.
Prezes agencji Krzysztof Banaszek nie widzi nic niestosownego w zatrudnianiu rodziny kierowników i dyrektorów i twierdzi, że w PAŻP nie panuje nepotyzm. Jednak Julia Pitera, pełnomocnik rządu ds. walki z korupcją potwierdziła gazecie, że to właśnie informacje o mogących występować w Agencji przypadkach nepotyzmu były, oprócz innych informacji wskazujących na potencjalne nieprawidłowości, powodem podjęcia kontroli. Zapowiada, że kontrola ma się zakończyć 6 października, ale może zostać przedłużona.