W 2000 r. ówczesny prezes Kongresu Polonii Amerykańskiej Edward Moskal powiedział, że były szef RWE w czasie wojny "pracował dla hitlerowców jako ich zaufany i lojalny zarządca przejętego mienia pożydowskiego". Nowak-Jeziorański wniósł w 2001 r. do ówczesnego prezesa IPN Leona Kieresa o ściganie funkcjonariuszy SB odpowiedzialnych za sfingowanie w latach 70. dokumentów o jego rzekomej współpracy z hitlerowcami. Wszczęte w 2001 r. śledztwo dotyczyło podrabiania przez funkcjonariuszy MSW, w celu użycia jako autentycznych, dokumentów nt. Nowaka-Jeziorańskiego, mających poniżyć go w opinii publicznej i narazić na utratę zaufania.
Nowak-Jeziorański mówił wtedy, że trzykrotnie jego życiorys "brano pod mikroskop". Najpierw, gdy dowódca Armii Krajowej powierzał mu misję do rządu w Londynie, potem gdy Amerykanie wybrali go w latach 50. na stanowisko w RWE, a po raz trzeci - gdy zostawał konsultantem Rady Bezpieczeństwa Narodowego USA. Dodawał, że nie on jeden był ofiarą "fałszywek" SB.
W 2004 r. szef pionu śledczego IPN prof. Witold Kulesza podał, że prawomocnie zakończono sprawę rzekomej współpracy Nowaka-Jeziorańskiego z okupantem - uznano, że brak nawet cienia dowodu takiej współpracy. Dodał, że trwa ustalanie odpowiedzialnych za tę prowokację.
zew, PAP