Janusz Morgenstern zrealizował m.in. "Do widzenia, do jutra", "Jowita" i "Trzeba zabić tę miłość" oraz seriale "Stawka większa niż życie", "Kolumbowie" i "Polskie drogi". Był dyrektorem Studia Filmowego Perspektywa w Warszawie. Pierwsze kroki w zawodzie stawiał pod okiem innych twórców, m.in. na planie filmów Andrzeja Wajdy: "Kanał" (1956), gdzie zajmował się współpracą reżyserską, oraz "Popiół i diament" (1958), gdzie pracował jako drugi reżyser. Był pomysłodawcą jednej z najsłynniejszych scen w historii polskiego kina, która przedstawia płonące kieliszki w "Popiele i diamencie" Wajdy. Ponadto to on właśnie zaproponował, by Maćka Chełmickiego zagrał Zbigniew Cybulski, prywatnie jego przyjaciel.
Samodzielną karierę reżyserską Morgenstern rozpoczął od filmu "Do widzenia, do jutra" (1960), ze Zbigniewem Cybulskim i Teresą Tuszyńską w obsadzie. Do najbardziej znanych filmów Morgensterna należy też "Jowita" (1967), ekranizacja powieści Stanisława Dygata "Disneyland". Scenariusz, na podstawie książki Dygata, napisał Tadeusz Konwicki. W filmie zagrali Daniel Olbrychski, Barbara Kwiatkowska, Kalina Jędrusik i Zbigniew Cybulski.
Szczególne miejsce wśród wszystkich swoich obrazów Morgenstern przyznawał filmowi "Trzeba zabić tę miłość" (1972), gdzie główne role - dwójki młodych ludzi wchodzących w dorosłe życie i przeżywających trudną miłość - kreowali Jadwiga Jankowska-Cieślak i Andrzej Malec. - Gdybym miał wybierać, to właśnie ten film postawiłbym na pierwszym miejscu w swojej filmografii - mówił reżyser w kwietniu 2008 roku. Wśród ukochanych przez publiczność dzieł Morgensterna - obok słynnych seriali "Stawka większa niż życie" (1967-1968, którą reżyserował wspólnie z Andrzejem Konicem), "Kolumbowie" (1970) i "Polskie drogi" (1977) oraz filmu "Godzina >W<" (1979) - wyjątkowe miejsce zajmuje ponadto film "Żółty szalik". Obraz ten Morgenstern wyreżyserował w 2000 r, a główną rolę - alkoholika - zagrał Janusz Gajos. Ostatnim filmem Morgensterna było "Mniejsze zło" z 2009 roku, zrealizowane na motywach powieści Janusza Andermana "Cały czas". To opowieść o pisarzu-plagiatorze, cynicznym karierowiczu.
- Sztuka jest jak salto w cyrku. To dla mnie coś, co wydaje się prawie niemożliwe do zrobienia. Coś, co nie każdy potrafi. I taka sztuka budzi we mnie zawsze pokorę - mówił Janusz Morgenstern w jednym z wywiadów.PAP, arb