Od początku lat 90. - z przerwą na okres rządów koalicji SLD-PSL w latach 1993-1997 - Zieliński był szefem archiwów Urzędu Ochrony Państwa. Po zwycięskich dla SLD w 2001 r. wyborach stracił to stanowisko; wkrótce potem przeszedł do biura ówczesnego Rzecznika Bogusława Nizieńskiego.
W 2004 r. Prokuratura Okręgowa w Warszawie uznała, że nie było gry teczkami w związku z przekazywaniem przez UOP dokumentów lustracji Aleksandra Kwaśniewskiego przed wyborami prezydenckimi w 2000 r. i umorzyła tajne śledztwo przeciwko Zielińskiemu. W 2002 r. prokuratura postawiła jemu oraz jego zastępcy zarzut przekroczenia uprawnień w związku z trybem i sposobem przekazywania Sądowi Lustracyjnemu i Rzecznikowi Interesu Publicznego dokumentów niezbędnych do lustracji Kwaśniewskiego. Ostatecznie stwierdzono, że nie doszło do przestępstwa. Opozycja uważała, że zarzuty mają charakter polityczny.
W 2000 r. Sąd Lustracyjny - badając z urzędu oświadczenia lustracyjne kandydatów na prezydenta - orzekł, że Kwaśniewski złożył prawdziwe oświadczenie o tym, że nie był agentem SB. Obóz Kwaśniewskiego zarzucał wtedy UOP, kierowanemu przez Zbigniewa Nowka, że przesłał sądowi materiały nie wiążące się z lustracją i że dodatkowe akta wysyłał sądowi "w ostatniej chwili".
Po wyroku sam Kwaśniewski oświadczył, że ci, którzy manipulowali materiałami i terminami nadsyłania dokumentów, "nie mogą czuć się spokojnie", co zostało krytycznie przyjęte przez część prasy i polityków AWS i UW. Wkrótce potem szef Biura Bezpieczeństwa Narodowego Marek Siwiec powiedział, że Kwaśniewski stracił do UOP zaufanie. UOP nie złamał prawa - replikował koordynator służb specjalnych Janusz Pałubicki.
We wrześniu 2000 r. sejmowa Komisja ds. Służb Specjalnych uznała, że UOP nie złamał prawa w tej sprawie, ale dopuścił się czterech uchybień. Były to: stwierdzenie Nowka, że Kwaśniewski był zarejestrowany jako agent; nieprzesłanie Rzecznikowi materiałów Kwaśniewskiego; odtajnienie przez UOP dokumentów, które mogły uczynić z niego osobę pokrzywdzoną w myśl ustawy o IPN (czyli uprawnioną do wglądu w swoją "teczkę" osobę inwigilowaną w PRL), a których odtajnienie mogło naruszyć dobra osobiste prezydenta i osób trzecich; niepoinformowanie o sprawie Pałubickiego i premiera Jerzego Buzka.
Doniesienie do prokuratury w sprawie szefów archiwów UOP złożył Zbigniew Siemiątkowski, co - jak mówił - nakazały mu informacje uzyskane w czasie, gdy - po wyborach parlamentarnych i zmianie rządu pod koniec 2001 r. - pełnił obowiązki szefa UOP. Wobec Zielińskiego wszczęto - już po wyborach parlamentarnych 2001 r. - postępowanie dyscyplinarne w UOP. Wkrótce potem odszedł on z Urzędu.
Wśród dziennikarzy zasłynął zasłaniając dokumentami swoją twarz podczas konferencji prasowych w UOP. W czasie procesów lustracyjnych przychodził do sądu z dokumentami SB w asyście ochrony i w kamizelce kuloodpornej.
ks, pap