Jeden z zarzutów dotyczy wystąpienia Milczanowskiego jako szefa MSW 21 grudnia 1995 r. w Sejmie, gdy powiedział, iż ówczesny premier Józef Oleksy (SLD) był źródłem informacji dla wywiadu b. ZSRR, a później Rosji. Wiosną 1996 r. prokuratura wojskowa - nie stwierdzając przestępstwa szpiegostwa - umorzyła śledztwo wobec Oleksego, który wcześniej, po wszczęciu śledztwa, odszedł z funkcji premiera.
Inny zarzut wobec Milczanowskiego dotyczy bezprawnego - zdaniem prokuratury - powiadomienia o zarzutach wobec Oleksego ówczesnego prezydenta-elekta Aleksandra Kwaśniewskiego oraz marszałków Sejmu i Senatu, I prezesa Sądu Najwyższego, prezesa Trybunału Konstytucyjnego i prezesa Naczelnego Sądu Administracyjnego, a także szefa MSZ Władysława Bartoszewskiego.
Prokuratura badała, czy Milczanowski przekroczył obowiązki służbowe, ujawniając najpierw tym osobom, oraz potem w Sejmie, tajemnicę państwową, gdy w grudniu 1995 r. wynikła "sprawa Oleksego". Prokuratura oparła się m.in. na sprawozdaniu sejmowej komisji nadzwyczajnej, która badała legalność działań w sprawie Oleksego. Według przyjętego w 1996 r. przez Sejm sprawozdania, działania w tej sprawie oficerów Urzędu Ochrony Państwa oraz Milczanowskiego mogły naruszać prawo.
Śledztwo w całej sprawie pierwotnie umorzono w 1998 r., bo uznano, że minister może odpowiadać tylko przed Trybunałem Stanu. Oleksy odwołał się od tej decyzji do sądu, który w 2000 r. nakazał wznowić śledztwo. W 2001 r. Trybunał Konstytucyjny orzekł zaś, że minister może odpowiadać przed sądem karnym za przestępstwa popełnione w związku z zajmowanym stanowiskiem, jeśli Sejm nie postawi go przed Trybunałem Stanu. We wrześniu 2001 r. Sejm, większością głosów AWS i UW, zdecydował zaś o umorzeniu postępowania z wniosku posłów SLD o postawienie przed Trybunałem Milczanowskiego.
W maju 2002 r. prokuratura postawiła Milczanowskiemu formalne zarzuty. "To była prowokacja, która wstrząsnęła Polską i wstrząsnęła mną" - tak zarzut komentował Oleksy. "Oskarżenie mnie uważam za przejaw zemsty ze strony SLD" - mówił zaś Milczanowski, który dodawał, że nie obawia się procesu.
Akt oskarżenia początkowo trafił do Sądu Rejonowego dla Warszawy- Mokotowa, ale ten poprosił o przekazanie sprawy Sądowi Okręgowemu, w którym orzekają bardziej doświadczeni sędziowie. Powodem przekazania sprawy było jej skomplikowanie oraz fakt, że będą zeznawać były premier i ministrowie. Proces będzie w całości toczył się za zamkniętymi drzwiami.
Oleksy dołączył do prokuratorskiego aktu oskarżenia tzw. subsydiarny akt oskarżenia przeciw Milczanowskiemu, ówczesnemu wiceszefowi MSW Henrykowi Jasikowi i pięciu funkcjonariuszom UOP - Marianowi Zacharskiemu, Bogdanowi Liberze, Wiktorowi Fonfarze, Wojciechowi Dylewskiemu oraz kpt. D.I. (nazwisko tajne). To, że jest taki akt oskarżenia, ujawniono w czerwcu tego roku, podczas przesłuchania Oleksego w sejmowej komisji ds. PKN Orlen, gdy zażądał on wyłączenia eksperta komisji Libery (szefa wywiadu UOP w 1995 r.) jako jednego z oskarżonych w tym procesie. Oleksy wycofał potem swój wniosek.
Oleksy zarzucał oskarżonym przez siebie, że wprowadzili w błąd prokuraturę wojskową, przekazując jej fałszywe informacje; że zniszczyli oryginalne nagrania rozmów operacyjnych; że ujawnili Władimirowi Ałganowowi (który miał być oficerem prowadzącym Oleksego) kryptonim "Olin"; że poświadczali w dokumentach nieprawdziwe okoliczności spotkań Oleksego z Ałganowem.
Ostatnio Oleksy wycofał swój akt oskarżenia, co uzasadnił "skoncentrowaniem się na głównym sprawcy, którym jest pan Milczanowski". W rozmowie z PAP były premier powiedział we wtorek, że nie wyklucza w przyszłości dochodzenia przed sądem swych praw także wobec byłych podwładnych Milczanowskiego.
Z kolei Milczanowski, zapytany o wycofanie przez Oleksego subsydiarnego aktu oskarżenia, powiedział tylko: "głównymi świadkami podanymi przez pełnomocnika Oleksego w tym akcie byli Kuna i Żagiel".
(Aleksander Żagiel i Andrzej Kuna organizowali w lipcu 2003 roku spotkanie Kulczyk-Ałganow we Wiedniu znane ze sprawy PKN Orlen. Byli właścicielami firmy, w której zatrudniony był Ałganow podczas swego pobytu w Polsce w pierwszej połowie lat 90.. Nazwiska Kuny i Żagla pojawiały się również w kontekście afery FOZZ.)
"Każdy, kto posługuje się kryteriami zdrowego rozsądku, oceni, że nie ma podstaw do oskarżenia" - zaznaczył Milczanowski. Podtrzymał swoją opinię, że sprawa ma charakter polityczny.
ks, pap