Izba negatywnie oceniła również działania prowadzone w Agencji Bezpieczeństwa Wewnętrznego, Agencji Wywiadu i Wojskowych Służbach Informacyjnych w zakresie opracowywania projektów aktów prawnych i tworzenia systemu prawnego regulującego funkcjonowanie tych służb. Zdaniem NIK, niezbędne jest niezwłoczne wydanie wszystkich brakujących rozporządzeń i zarządzeń dotyczących działalności tych służb.
NIK domaga się także skutecznego nadzoru nad służbami m.in. poprzez zlecanie kontroli ich działalności organom kontrolnym podległym premierowi i szefowi resortu obrony.
Zaleca także bezzwłoczne przekazanie do archiwum Instytutu Pamięci Narodowej pozostałych do przekazania dokumentów, zbiorów danych, rejestrów i kartotek, a także akt funkcjonariuszy i żołnierzy wytworzonych lub gromadzonych do 6 maja 1990 r.
Koordynator służb specjalnych Zbigniew Wassermann uważa, że wyniki raportu NIK na temat kontroli służb specjalnych uzasadniają konieczność zmian w tych służbach, w tym także na kierowniczych stanowiskach. Raport uzasadnia też konieczność powołania koordynatora do spraw służb, bo kierujący nimi zaniedbywali obowiązki w nadzorze. Wassermann nie wymienił żadnych nazwisk.
Były minister Obrony Narodowej Jerzy Szmajdziński uważa, że informacja Najwyższej Izby Kontroli dotycząca organizacji służb specjalnych i nadzoru nad nimi, w odniesieniu do resortu obrony i Wojskowych Służb Informacyjnych, była opracowana nierzetelnie. Jego zdaniem, godzi ona w dobre imię MON i WSI oraz bezpodstawnie osłabia ich wiarygodność. Takie stanowisko Szmajdziński wyraził w odpowiedzi na wystąpienie pokontrolne NIK w październiku tego roku.
em, pap