Z informacji uzyskanych przez dziennik wynika, że wydania Mikołajewskiemu poświadczenia pozwalającego na dostęp do tajnych informacji odmówiło co najmniej dwóch oficerów Służby Kontrwywiadu Wojskowego. Na początku stycznia tego roku Antoni Macierewicz udzielił jednak osobistej rękojmi, co pozwoliło Tomaszowi Mikołajewskiemu na objęcie stanowiska dyrektora Narodowego Centrum Kryptologii.
Nie wiadomo wprawdzie, co było przyczyną odmowy w przypadku tej konkretnej osoby, ale katalog przyczyn, na które zwyczajowo powołują się służby w takich wypadkach, jest ograniczony. "Fakt" wymienia wśród nich podejrzane kontakty osobami mogącymi być agentami obych służb, problemy psychiczne, bądź uzależnienie w przeszłości lub obecnie od narkotyków lub alkoholu.
Jak podaje "Fakt", przeszłość Tomasza Mikołajewskiego jest owiana tajemnicą i próżno szukać informacji o nim w MON. Przy jego powołaniu opublikowano jedynie lakoniczną informację. Dziennik informuje jednak, że dyrektor NCK jest informatykiem i doktorem matematyki, a kwalifikacje zdobywał m.in. w Monachium. Z ustaleń "Faktu" wynika, że Mikołajewskiego mógł polecić Macierewiczowi Piotr Naimski.