Rzecznik Praw Obywatelskich zaskarżył decyzję ministra środowiska z 25 marca 2016 roku. Aneks do planu gospodarowania Puszczą Białowieską na lata 2012-2021 dotyczył zwiększenia pozyskania drewna na terenie Nadleśnictwa Białowieża. Adam Bodnar argumentował, że Jan Szyszko przed podjęciem decyzji o jego publikacji nie zapoznał się ze wszystkimi wątpliwościami i kontrargumentami. Te z kolei przedstawiali członkowie organizacji pozarządowych, takich jak WWF, Greenpeace, Greenmind czy ClientEarth Prawnicy dla Ziemi.
„Środowisko naturalne jest wspólnym dobrem całego społeczeństwa. Przepisy prawa gwarantują mu wpływ na wydawanie decyzji mogących negatywnie oddziaływać na otaczającą nas przyrodę. Dlatego Minister Środowiska rozstrzygając o możliwości zwiększenia wycinki na terenie Puszczy Białowieskiej powinien był przekonać społeczeństwo o zasadności tych działań” – przekonywał w swoim piśmie Adam Bodnar.
Wojewódzki Sąd Administracyjny w Warszawie odrzucił skargę RPO, a sędzia Teresa Zyglewska zaznaczyła, że plan urządzenia lasu dla Nadleśnictwa Białowieża nie stanowi decyzji administracyjną. Oznacza to, że nie może on zostać zaskarżony do sądu. Wniosek został więc rozpatrzony negatywnie w aspekcie formalnym, bez wnikania w merytoryczny przedmiot sprawy.