Wydatki na Fundusz Kościelny z roku na rok są coraz większe. „Rzeczpospolita” informuje, że w 2013 rok państwo przeznaczyło na ten cel 118,2 mln zł, a w kolejnych latach 133,1 mln i 128,1 mln. Pieniądze z tego funduszu są przeznaczane głównie na składki emerytalne i zdrowotne dla księży. Kwota za 2016 rok jest rekordowa, bo wynosi aż 145,3 mln zł. Taka liczba znalazła się w analizie Najwyższej Izby Kontroli z wykonania budżetu państwa, w części dotyczącej wyznań i mniejszości, do której dotarła „Rzeczpospolita”.
Dziennik zauważył, że od 2016 r. zarządzające funduszem MSWiA zaczęło też dotować remont obiektów sakralnych i działalność charytatywno-opiekuńczą. Na ten cel przeznaczono jednak znacznie mniej pieniędzy – 8,3 mln zł.
Na pytanie „Rzeczpospolitej” odnośnie rosnącego Funduszu Kościelnego MSWiA odpowiedziało, że „wzrost wysokości wydatkowania środków na finansowanie składek wynikał z wysokości not księgowych Zakładu Ubezpieczeń Społecznych". Wskazano również, że „bezpośredni wpływ na wysokość środków" ma wielkość płacy minimalnej.