Jak poinformowano PAP w warszawskim sądzie apelacyjnym, wyrok wydany w tej sprawie w pierwszej instancji został utrzymany. W lutym tego roku Siemiątkowski został uniewinniony z tego zarzutu przez stołeczny sąd okręgowy. Apelację od wyroku składała prokuratura.
Siemiątkowski wyraził zadowolenie z zakończenia sprawy. Dodał, że sąd apelacyjny wykazał, iż "jak się pisze odwołanie, to nie wolno posługiwać się sloganami".
Rozprawa odbywała się za zamkniętymi drzwiami, uzasadnienie wyroku jest niejawne.
W lutym sąd okręgowy uznał natomiast Siemiątkowskiego za winnego drugiego stawianego mu przez prokuraturę zarzutu - wyniesienia z Agencji tych notatek, gdy w 2004 r. został odwołany przez premiera Marka Belkę. Sąd odstąpił jednak wtedy od wymierzenia kary za ten czyn - zasądził zaś tzw. środek karny - 2 lata zakazu pełnienia stanowisk publicznych związanych z dostępem do informacji niejawnych.
Już wówczas Siemiątkowski mówił, że czuje się w pełni uniewinniony i nie będzie składał apelacji, a 2-letni zakaz traktuje w kategoriach symbolicznych, bo i tak nie zamierza wracać do życia publicznego.
W sprawie chodziło o zapiski szefa AW z rozmowy z Kulczykiem z 2003 r. na temat spotkania biznesmena w Wiedniu z Ałganowem. Na podstawie swych zapisków z tej rozmowy szef AW zrelacjonował jej przebieg oficerowi AW, który sporządził tajną, oficjalną notatkę. Według prokuratury, brudnopis notatek, po sporządzeniu oficjalnej notatki powinien albo być zniszczony protokolarnie, albo też zarejestrowany w tajnym dzienniku. Tak się nie stało, a notatki były przechowywane w gabinecie Siemiątkowskiego. Drugi zarzut dotyczył wyniesienia notatek (którymi nie miał prawa wyłącznie dysponować) przez Siemiątkowskiego z AW w 2004 r.
Siemiątkowski mówił, że zarzuty są bezsensowne, bo dopiero oficjalna notatka szefa AW (odtajniona przez jego następcę Andrzeja Ananicza) z informacjami ze spotkania jest objęta klauzulą tajności, nie zaś jego notatki - luźne zdania, równoważniki zdań i wyrazy zapisywane podczas rozmowy z Kulczykiem. Podkreślał, że był cywilnym szefem urzędu, a nie funkcjonariuszem i dlatego z Kulczykiem rozmawiał jak urzędnik z obywatelem, a nie jak oficer ze "źródłem".
Z zapisków Siemiątkowskiego wynikało, że Kulczyk z Ałganowem rozmawiali m.in. o prywatyzacji Rafinerii Gdańskiej i w trakcie rozmowy Kulczyk "powoływał się na poparcie prezydenta, używając w rozmowie sformułowania +pierwszy+". Według notatki, Ałganow miał też pretensje, że Rosjanie "mieli dostać RG (Rafinerię Gdańską)", co miało być "uzgodnione z b. ministrem skarbu Wiesławem Kaczmarkiem, który otrzymał za to korzyść finansową". Sam Kulczyk twierdził, że nie usłyszał od Ałganowa, iż Kaczmarek wziął łapówkę; mówił jedynie, że była mowa o "wziątce", ale nie potrafi powiedzieć, kto miał ją przyjąć.
Całą sprawę ujawniła sejmowa komisja śledcza ds. PKN Orlen, która w 2004 r. złożyła do prokuratury doniesienie, bo Siemiątkowski posługiwał się zapiskami podczas przesłuchania przed nią. Komisja odebrała Siemiątkowskiemu jego notatnik. On sam mówił, że zawiadomienie skierowano na podstawie opinii dwóch ekspertów komisji, którzy są z nim w konflikcie - gen. Bogdana Libery i gen. Zbigniewa Nowka (od listopada 2005 r. - szefa AW). "Trzeci ekspert komisji płk Jerzy Kucharenko miał inne zdanie, ale został przegłosowany" - mówił wtedy Siemiątkowski.
Warszawska prokuratura oskarżyła w 2005 r. Siemiątkowskiego o naruszenie zasad ochrony tajemnicy państwowej. Proces ruszył w maju 2007 r. Prokurator wnosił o karę roku więzienia w zawieszeniu na 3 lata. Siemiątkowski i jego adwokat domagali się uniewinnienia.
W kolejnych ekipach rządowych SLD Siemiątkowski był m.in. szefem MSW, koordynatorem służb specjalnych, szefem UOP, szefem AW; ponadto był posłem SLD oraz ministrem w kancelarii prezydenta.ab, pap