Decyzję o ekshumacji zwłok Stanisława Pyjasa ogłosił 18 marca prezes IPN Janusz Kurtyka. Na temat powodów przeprowadzenia ekshumacji IPN wydał jedynie pod koniec marca krótki komunikat, w którym stwierdził, iż badania kośćca mogą doprowadzić do "sformułowania ostatecznych ocen w kwestii mechanizmu i przyczyn śmierci Pyjasa". Dokładniejsze informacje na ten temat zawarte są w treści 22 pytań, które skierował prokurator prowadzący śledztwo do biegłych. Jak podawały media, dotyczą one rodzaju obrażeń Stanisława Pyjasa, głównie czaszki, w tym m.in. ewentualności ran postrzałowych.
O badaniu wersji, mówiącej o zastrzeleniu Stanisława Pyjasa, mówiło oświadczenie rodziny zmarłego studenta, przekazane mediom 24 marca przez siostrzenicę Stanisława Pyjasa Agnieszkę Przybysz. Wyrażało ono poparcie dla działań IPN. Wcześniej stanowisko rodziny w kwestii ekshumacji nie było jednoznaczne. "Uważamy, że przeprowadzenie badań kości Stanisława Pyjasa jest niezbędne w celu poznania bezpośredniej przyczyny śmierci, która mogła nastąpić wskutek postrzału" - napisała rodzina, powołując się na autorki filmu "Trzech kumpli" i wyrażając im wdzięczność "za dotarcie do świadków, których zeznania mogą spowodować przełom w śledztwie". W filmie jeden ze świadków wyrażał opinię, że Stanisław Pyjas mógł zostać zabity strzałem w głowę.
Wersja zastrzelenia Stanisława Pyjasa nie pojawiała się dotąd w żadnym śledztwie. Nie potwierdzał jej opis obrażeń, stwierdzonych u Stanisława Pyjasa, zdjęcia tych obrażeń, opinie biegłych o obrażeniach; wręcz wykluczała opinia kryminologów. Wszelkie informacje o obrażeniach Stanisława Pyjasa, przebieg śledztw w sprawie jego śmierci, dokumenty i decyzje zawiera wydana w 2001 roku przez IPN książka "Sprawa Pyjasa. Czy ktoś przebije ten mur". W ocenie prowadzącego poprzednio śledztwa w sprawie śmierci Pyjasa prok. Krzysztofa Urbaniaka, jest to swoista "Biała Księga", w której zgromadzono wszystkie materiały na ten temat. Nie było tam mowy o możliwości postrzelenia Pyjasa.
PAP, arb