Zajączkowski urodził się 19 grudnia 1963 roku w Bydgoszczy. Ukończył studia na wydziale historycznym Katolickiego Uniwersytetu Lubelskiego; w 1999 roku obronił tytuł doktora nauk politycznych na Polskiej Akademii Nauk. W 1988 roku był redaktorem Ośrodka Dokumentacji i Studiów Społecznych; przez kolejne dwa lata związany był z "Res Publicą". W 1991 roku rozpoczął pracę w Ośrodku Studiów Wschodnim; zajmował się sprawami rosyjskimi. Równolegle Zajączkowski współpracował z Ośrodkiem Studiów Międzynarodowych przy Senacie.
W latach 1993-1998 był dyrektorem programowym Forum Europy Środkowo-Wschodniej przy Fundacji im. Stefana Batorego. W latach 1997-1998 wchodził w skład pięcioosobowego zespołu międzynarodowego koordynującego pomoc udzielaną białoruskim organizacjom pozarządowym i politycznym. Przez dwa lata (1998-2000) był radcą polskiej ambasady w Moskwie, a następnie, przez kolejne cztery lata, radcą ambasady RP w Kijowie. W latach 2004-2007 pracował w MSZ - był zastępcą dyrektora departamentu Europy i dyrektorem departamentu polityki wschodniej.
W lutym 2008 roku został głównym doradcą premiera ds. polityki energetycznej. We wrześniu 2008 roku został ambasadorem RP w Rumunii. Włada pięcioma językami: angielskim, francuskim, rosyjskim, ukraińskim oraz rumuńskim.
pap, ps