Kaczmarek wytoczył za to Kaczyńskiemu proces cywilny o ochronę dóbr osobistych oraz karny w trybie prywatnym o zniesławienie. W pozwie zażądał od szefa PiS zamieszczenia w licznych tytułach prasowych i na stronie internetowej partii oświadczenia, w którym Kaczyński wyrazi "szczery żal" i przeprosi Kaczmarka "za postawienie nieprawdziwych zarzutów, że tkwi w układzie, utrudnia śledztwa prowadzone przez organy ścigania" oraz "za znieważające nazwanie go agentem śpiochem". Miałby też wpłacić 10 tys. zł na Caritas.
W poniedziałek w tym procesie przed Sądem Okręgowym w Warszawie stanął ponownie jako świadek pozwanego b. minister sprawiedliwości Zbigniew Ziobro, który już wcześniej zeznawał, ale powołał się na wiążącą go nadal tajemnicę państwową. Sąd zobowiązał stronę pozwaną do sprecyzowania, w jakim zakresie miałby on być zwolniony przez prokuratora generalnego z obowiązku zachowania tajemnicy. Proces - który na wniosek strony pozwanej toczy się niejawnie - odroczono bez terminu.
Pozwany chciał przesłuchania Ziobry i byłego szefa CBA Mariusza Kamińskiego w kwestii - jak to sformułowała strona pozwana - czy Kaczmarek "był powiązany w istotnym stopniu z osobami popełniającymi przestępstwa i w swych urzędniczych działaniach bezprawnie realizował ich interes" oraz czy "rozpoczynając i rozwijając swą karierę w administracji rządowej, budując w ekipie rządzącej zaufanie do swojej osoby, zataił swoje powiązania z osobami popełniającymi przestępstwa".
Z kolei w prywatnym akcie oskarżenia skierowanym do Sądu Rejonowego dla Warszawy-Śródmieścia Kaczmarek zarzucił J. Kaczyńskiemu, że pomówił go w mediach o właściwości, które "mogą poniżyć go w opinii publicznej lub narazić na utratę zaufania potrzebnego dla danej działalności". Art. 212 par. 2 Kodeksu karnego, który jest podstawą oskarżenia, przewiduje za taki czyn grzywnę, karę ograniczenia wolności albo do roku więzienia. Prawo stanowi, że nie popełnia przestępstwa ten, kto "rozgłasza prawdziwy zarzut dotyczący postępowania osoby pełniącej funkcję publiczną lub służący obronie społecznie uzasadnionego interesu".
- Wszystko podtrzymuję - powiedział J. Kaczyński, gdy w czerwcu 2009 r. zrzekł się immunitetu poselskiego do tej sprawy. Zapowiedział, że jako oskarżony ma zamiar skorzystać z prawa przedstawienia sądowi "informacji, które mają charakter ściśle tajny". O taktyce, jaką przyjmie w tym procesie obrona, nie chciał mówić adwokat prezesa PiS mec. Bogusław Kosmus. - Tajemnica adwokacka nakazuje mi milczeć - powiedział. Procesy o zniesławienie co do zasady toczą się niejawnie.
Kaczmarka odwołano na wniosek premiera Kaczyńskiego z funkcji szefa MSWiA w sierpniu 2007 r., bo "znalazł się w kręgu podejrzenia" w sprawie przecieku z akcji CBA w resorcie rolnictwa. ABW zatrzymała go pod koniec sierpnia 2007 r., razem z b. szefem policji Konradem Kornatowskim i ówczesnym szefem PZU Jaromirem Netzlem. Miał zarzut zatajenia spotkania z Ryszardem Krauzem w hotelu Marriott w lipcu 2007 r. i utrudniania śledztwa w sprawie przecieku z akcji CBA. Śledztwa w sprawie fałszywych zeznań Kaczmarka i samego przecieku z akcji CBA umorzono ostatecznie w 2009 r.
pap, ps