Śledztwo dotyczące byłego prezydenta Olsztyna białostocka prokuratura prowadzi od lutego 2008 roku. Sprawę przejęła od olsztyńskiej prokuratury. Dotyczy ona podejrzeń molestowania seksualnego kobiet i zgwałcenia jednej z pracownic. Kilka tygodni po przejęciu sprawy prokuratura postawiła samorządowcowi zarzuty i dała mediom zgodę na publikowanie danych osobowych podejrzanego.
W marcu 2008 r. Małkowski został aresztowany, wyszedł na wolność pod koniec września tamtego roku. W listopadzie 2008 roku w wyniku referendum stracił stanowisko prezydenta. W ostatnich wyborach samorządowych wystartował ponownie. Przegrał w drugiej turze. W czerwcu sąd prawomocnie uniewinnił go od zarzutów o charakterze gospodarczym, dotyczących m.in. kwestii umorzenia opłat za wieczyste użytkowanie gruntu jednej z firm.
zew, PAP