Stańczaka uprowadzono 28 września 2008 r., zabito wtedy jego ochroniarza i dwóch kierowców. Talibowie w zamian za wypuszczenie Polaka domagali się zwolnienia z więzień swych kompanów. Wobec niespełnienia tych żądań przez pakistańskie władze w lutym 2009 r. ogłosili, że Polaka zabili. W kwietniu tego samego roku ciało Stańczaka przewieziono do kraju. Pogrzeb odbył się w Krośnie. W lutym media podały, że sąd w Rawalpindi uniewinnił z braku dowodów byłego deputowanego do Zgromadzenia Narodowego Shaha Abdula Aziza oraz Attę Ullaha Khana, oskarżonych o porwanie Stańczaka i zamordowanie go. Pakistański prokurator, prowadzący sprawę uprowadzenia i zabójstwa Polaka, zapowiedział apelację. Twierdzi, że sąd zignorował niektóre ważne fakty.
Po wyroku warszawska prokuratura podawała, że wysłała kolejny wniosek o pomoc prawną, odnoszący się "do osób i okoliczności, które znajdowały się w wyroku". Informowała też, że nie ma odpowiedzi na żaden z kilku wcześniej wysłanych wniosków. Np. w sierpniu 2009 r. polscy śledczy wystąpili do Pakistanu o materiały całej sprawy. Polskie MSZ zapowiadało po tym wyroku, że "sprawa morderstwa Piotra Stańczaka będzie poruszana w najbliższym czasie w kontaktach wysokiego szczebla ze stroną pakistańską". Przewodniczący Senatu Islamskiej Republiki Pakistanu Farooq Hamid Naek oświadczył w maju w Warszawie, że dopilnuje, aby śledztwo w sprawie Stańczaka było prowadzone dalej. - Tę sprawę będę prowadził osobiście - zapewnił. Jako "niezwykle przykrą" określił decyzję sądu w Rawalpindi. Poinformował, że do sądu w Islamabadzie wniesiono już apelację.
W 2009 r. ujawniono, że Aziza aresztowano z powodu podejrzeń o związek z zabójstwem Stańczaka. Aziz był kluczową postacią negocjacji z talibami w trakcie przetrzymywania Polaka. Po zabiciu Stańczaka zaproponował pomoc w odzyskaniu ciała; ofertę przyjęło polskie MSZ. Jego aresztowanie miały umożliwić zeznania zatrzymanego wcześniej Atty Ullaha Khana - terrorysty, który przyznał się do porwania Stańczaka. Khan miał rozpoznać Aziza jako osobę, z której polecenia zabito Polaka po załamaniu się negocjacji. W trakcie rozprawy adwokat Khana zwrócił uwagę, że zeznania oskarżonego spisano w języku angielskim, podczas gdy jako Pusztun zna on wyłącznie swój język ojczysty i nie wiedział, co znalazło się w protokole z przesłuchania.
Po zatrzymaniu Khana szef MSZ Radosław Sikorski wyrażał nadzieję, że zostanie on sprawiedliwie osądzony. - Sprawiedliwie, to znaczy bardzo surowo. Cieszę się, że będzie sądzony w Pakistanie, gdzie obowiązuje kara śmierci - podkreślił.
PAP, arb