Na wątpliwości dotyczące godziny działania (urzędnicy MON i funkcjonariusze SKW w towarzystwie Żandarmerii Wojskowej weszli do pomieszczeń około 1.30 w nocy) Kownacki odpowiedział, że "służby państwa polskiego powinny działać w każdej godzinie, jeśli jest to potrzebne, i nie ma znaczenia, czy to będzie dzień, noc".
- Zostały przejęte pomieszczenia, zabezpieczone. Nie chcieliśmy robić żadnej sensacji, nie chcieliśmy też w jakiś sposób narażać tych, którzy tam pracują ciągle - podkreślił wiceminister i wyjaśnił, że działania były konieczne aby rozwiązać sytuację, w której w przekonaniu resortu byli szefowie SKW "starali się zabezpieczyć swoje interesy" w Centrum. - Ja mam wrażenie, że to był rodzaj przechowalni dla poprzedniego kierownictwa Służby Kontrwywiadu Wojskowego z synekurami, dlatego że tam były pensje rzędu czasem kilkudziesięciu tysięcy złotych - przekonywał.
Wiceszef MON dodał, że Centrum Eksperckie NATO to nie tylko polska instytucja wobec czego Polacy muszą jak najszybciej przygotować jego pełną sprawność.
Oświadczenie MON
"18 grudnia 2015 r. Pełnomocnik Ministra Obrony Narodowej ds. Utworzenia Centrum Eksperckiego Kontrwywiadu NATO Bartłomiej Misiewicz wprowadził nowego p.o. dyrektora CEK NATO płk. Roberta Balę do tymczasowych pomieszczeń CEK NATO użyczonych przez Służbę Kontrwywiadu Wojskowego" - napisano w oświadczeniu MON dotyczącym wejścia do pomieszczeń Centrum.
Centrum Eksperckie NATO
Centrum Eksperckie NATO ma docelowo mieć swoją siedzibę w Krakowi, a poligon w słowackiej miejscowości Leszt. Centrum ma organizować wspólne szkolenia dla sił zbrojnych NATO i opracować wspólną doktrynę kontrwywiadowczą dla państw Sojuszu. W ramach centrum doskonalenia kontrwywiadu opracowywane będą nowe doktryny, analizowane operacje oraz poprawiane zdolności do współdziałania członków Organizacji Paktu Północnoatlantyckiego.