Krótko przed śmiercią Berdychowski ukończył kurs generalski, który jest traktowany jako "przepustka do dalszych awansów". Znajdował się w dyspozycji kadrowej MON, poza służbą. Ukończył Wyższą Szkołę Oficerską Wojsk Zmechanizowanych im. Tadeusza Kościuszki we Wrocławiu. Jako absolwent wziął udział w selekcji do JW GROM i został operatorem tej formacji.
W jednostce tej Berdychowski służył przez 19 lat (do czerwca 2010 r.). Był operatorem i dowódcą sekcji szturmowej, Szefem Wydziału Szkolenia Bojowego, Szefem Wydziału Szkolenia Specjalistycznego oraz Dowódcą Zespołu Bojowego. W 2010 r. ówczesny szef MON powierzył mu stanowisko szefa Oddziału Planowania i Koordynacji Szkolenia w Dowództwie Wojsk Specjalnych
Od 2011 roku Berdychowski zajmował stanowisko Dowódcy Jednostki Wojskowej AGAT, która przejęła i kultywuje tradycje oddziału dywersji bojowej Kedywu Komendy Głównej AK Agat „Anty-Gestapo”. Patronem jednostki jest gen. dyw. Stefan Rowecki "Grot'.
We wrześniu 2014 r. płk Berdychowski został odwołany ze stanowiska dowódcy. - Jest mi niezwykle trudno żegnać się z Jednostką Agat. Miałem wielką przyjemność, wielki zaszczyt i wielki honor formować, tworzyć, wpływać na jej charakter i budować jej zdolności. Cząstka mojego serca na zawsze pozostanie w tych koszarach - powiedział podczas pożegnania z żołnierzami.