Katarzyna Świerczyńska, „Wprost”: W Szczecinie powstaje jedno z osiemnastu Regionalnych Centrów Medycyny Cyfrowej. Kto je tworzy, jacy specjaliści?
Andrzej Ossowski*: To jest cały zespół ludzi. W RCMC mamy lekarzy specjalistów, mamy bioinformatyków, informatyków, biologów, biotechnologów, specjalistów zajmujących się epigenetyką, mamy ekspertów data science, czyli osoby, które zajmują się analizą danych.
Medycyna i informatyka to, wydawałoby się, skrajnie różnie dziedziny nauki. Dwa różne światy…
Połączenie tych nauk może się wydawać mocno egzotyczne, ale nie ma nowoczesnej genetyki bez informatyki. To są przecież także kwestie bezpieczeństwa danych, które przechowujemy. Sam projekt RCMC jest projektem czysto interdyscyplinarnym. Spotykamy się regularnie całym zespołem i razem pracujemy i dyskutujemy nad tym, aby szukać najlepszych rozwiązań. To też nie jest tak, że może tu pracować pierwszy informatyk z brzegu, bo sobie nie poradzi. Genetyka jest niezwykle skomplikowaną dziedziną i aby pracować z takimi danymi, trzeba mieć pewną wiedzę na ich temat. Często jest też tak, że np. biolodzy robią drugi kierunek i jest to właśnie informatyka. Mamy też specjalistów, którzy są informatykami, ale dokształcili się z biologii. Interdyscyplinarność jest wpisana w takie projekty, tu trzeba pracować zespołowo. Do tego dochodzą jeszcze możliwości, jakie daje nam sztuczna inteligencja.
Sztuczna inteligencja będzie w stanie was zastąpić?
Nie da się tego wszystkiego robić bez zespołu specjalistów. Narzędzia sztucznej inteligencji możemy wykorzystać w wielu miejscach, na przykład do generowania kodów, analiz i spostrzeżeń, tworzenia danych syntetycznych itd., to po prostu przyspiesza i ułatwia naszą pracę. Podstawą jest dobry zespół ludzi. Bo wtedy np. medyk czy biolog mówi, że czegoś potrzebuje, a informatyk sprawdza, czy da się to zrobić, a może można do tego podejść inaczej. Pojawia się na przykład konkretne zapotrzebowanie biologów, którzy potrzebują np. narzędzia, które pozwoli im szybko ustalać haplotypy, które analizujemy m.in. do określenia biopochodzenia. Normalnie analiza jednego profilu genetycznego zajmowała kilkadziesiąt minut, dziś możemy to zrobić w kilkanaście sekund analizując kilkaset próbek. Ta współpraca specjalistów z bardzo różnych dziedzin, którzy pracują nad jedną sprawą, to taki model zachodni, który już zastosowaliśmy wcześniej z sukcesem przy projekcie Polskiej Bazy Genetycznej Ofiar Totalitaryzmów. Dodam, że to nie zawsze spotykało się ze zrozumieniem.
Czym właściwie jest RCMC? Nazwał pan ten projekt w jednym z wywiadów skokiem cywilizacyjnym.
Nadal tak uważam. To projekt finansowany przez Agencję Badań Medycznych. Takie centra jak nasze, będą miały za zadanie gromadzenie danych i tworzenie gigantycznych zbiorów danych genetycznych, epigenetycznych i klinicznych. Obecnie mamy takie bazy danych, ale są one rozproszone i nie w takiej skali. To gigantyczne przedsięwzięcie i bardzo potrzebne.
Skorzystają na tym naukowcy?
Naukowcy też, ponieważ będą mieli niespotykane dotąd możliwości analizowania danych, nowych odkryć, ale ja chcę podkreślić, że na tym skorzystają przede wszystkim pacjenci, bo dzięki RCMC medycyna może być jak najbardziej spersonalizowana. Dzięki dużym zbiorom danych, możemy docierać do informacji, których nie jesteśmy w stanie uzyskać na podstawie zwykłych badań klinicznych. Analiza takich danych daje ogromne możliwości, to też nowe terapie czy odkrycia nowych chorób.
Jest pan genetykiem i antropologiem sądowym. Czy kiedy zaczynał pan swoją karierę naukową, myślał pan o tym, że będzie musiał poniekąd zajmować się rzeczami związanymi z technologią i informatyką?
Wtedy nie sądziłem, że to aż tak bardzo się rozwinie, ale ja zawsze interesowałem się nowymi technologiami i tym, w jaki sposób można je wykorzystać w nauce. W tej chwili tworzymy w Szczecinie RCMC, ale przecież my już mamy duże doświadczenie w zbieraniu i analizowaniu podobnych danych, bo przecież stworzyliśmy od podstaw Polską Bazę Genetyczną Ofiar Totalitaryzmów. Nikt przed nami takiego projektu i na taką skalę nie prowadził. Tam gromadziliśmy jednak dane dotyczące ofiar totalitaryzmów, a biobank, który tworzymy w ramach RCMC będzie przecież zbierać dużo szersze spektrum danych medycznych. To projekt, który usystematyzuje i ustrukturyzuje dane, które zbieramy. On nas wprowadza tak naprawdę w medycynę XXI wieku.
Mówimy o potężnych ilościach danych.
Do naszego projektu już zakupiliśmy sekwenator wielkoprzepustowy, w Polsce są tylko trzy takie urządzenia o gigantycznej przepustowości. Pozwala nam ono na analizę 384 genomów ludzkich w ciągu kilku dni. To jest coś, co kiedyś by trwało około roku. To jest tak potężne narzędzie, że nie ma laboratorium, które byłoby w stanie sprawnie taką ilość danych analizować. Dlatego potrzebujemy także do tego zespołów bioinformatycznych, analityków danych i innych specjalistów. To są zawody przyszłości, ale nie da się tego wszystkiego zrobić bez wsparcia finansowego.
I mówimy tu też o zbieraniu i gromadzeniu materiału biologicznego?
Oczywiście, możemy się spotkać z bardzo różnym materiałem, to np. komórki rozrodcze czy tkanki nowotworowe. I trzeba teraz zapewnić miejsce do ich przechowywania. Chodzi o to, aby gromadzić materiał biologiczny w sposób cywilizowany, bo to tej pory to była trochę taka wolnoamerykanka. W tej chwili z RCMC będą korzystały dwa szpitale kliniczne Pomorskiego Uniwersytetu Medycznego, ale w przyszłości będą mogły korzystać również inne szpitale i podmioty medyczne. W tej chwili jesteśmy na etapie przebudowy pomieszczeń m.in. pod część bioinformatyczną centrum, to będzie aż 600 metrów kwadratowych.
Czy stworzymy w Polsce coś na wzór brytyjskiego biobanku?
Tak to powinno działać. Brytyjski biobank jest nie tylko repozytorium materiału biologicznego, ale też ogromnej ilości danych. Z jednej strony szkoda, że to u nas nie powstało wcześniej, ale z drugiej, dzięki temu, że robimy to teraz, możemy od razu wejść na znacznie wyższy poziom i patrząc na działające od dawna biobanki, określić, w jakim kierunku powinniśmy iść. Możemy czerpać wiedzę z doświadczeń innych i nie popełniać błędów. Dziś na pewno wiemy, że wykorzystanie sztucznej inteligencji pozwoli nam na dokonanie wielu odkryć i mamy nadzieję, że pomoże nam w pracy i pomoże nam w budowaniu medycyny spersonalizowanej. Ja jestem regionalistą i dla mnie niezwykle ważne jest też to, co dzięki takiemu Centrum zyskują pacjenci z naszego regionu. To, jak już mówiłem, pozwoli lekarzom personalizować terapie, a co za tym idzie skuteczniej leczyć pacjentów.
*Dr hab. n. med. Andrzej Ossowski, profesor uczelni, genetyk, kryminalistyk i antropolog sądowy, kierownik Katedry Medycyny Sądowej PUM w Szczecinie. Andrzej Ossowski i projekt Polskiej Bazy Genetycznej Ofiar Totalitaryzmów (którego jest współtwórcą i koordynatorem) otrzymali w 2022 statuetki Orła Wprost Regionu Zachodniopomorskiego.
Polska nauka
śladami Kopernika
Przeczytaj inne artykuły poświęcone polskiej nauce
Projekt finansowany ze środków budżetu państwa, przyznanych przez Ministra Nauki w ramach Programu Społeczna Odpowiedzialność Nauki