Pomieszczenie w ostatnich latach używane było jako magazyn. Wystrój wnętrza pochodził z XIX w. - ściany pokrywało malowidło autorstwa Erazma Fabijańskiego. Tymczasem na sklepieniu i przy otworze drzwiowym konserwatorzy odkryli XVI-wieczne polichromie z czasów budowy kaplicy i zakrystii (budował je Berrecci ok. 1530 r.). Na sklepieniu odsłonięto świetnie zachowane malowidło z ozdobnym herbem Łodzia, biskupa Tomickiego. Natomiast przy wejściu odkryto gorzej zachowaną polichromię z elementami architektury.
Komisja konserwatorska, która oglądała odkrycia, długo dyskutowała, jaki powinien być efekt końcowy prac. Ustalono, że XIX-wieczne polichromie zostaną zakryte i w ten sposób wnętrze uzyska wygląd, jaki zapewne miało z XVI w: polichromie przy wejściu i na sklepieniu oraz jednolite jasne ściany.
Prace konserwatorskie we wnętrzu kosztować będą 130 tys. zł. Sfinansuje je Społeczny Komitet Odnowy Zabytków Krakowa. Po zakończeniu pomieszczenie znowu będzie pełnić funkcję zakrystii.