Wylewają aż trzy rzeki, Burdekin, Fitzroy i Burnett, niosąc ze sobą muł, odpady, pestycydy, nawozy z okolicznych farm oraz prawdopodobnie różnego rodzaju metale z zalanych kopalni. To wszystko w oczywisty sposób wpłynie na zasolenie i czystość wody w oceanie. Muł, które osiądzie na wielkich połaciach trawy morskiej wpłynie pośrednio na żywiące się nią gatunki, jak chociażby egzotyczna krowa morska. Ale skutki mogą być jeszcze poważniejsze. Jak wskazuje dr Katharina Fabricius, naukowiec z Australian Institute of Marine Science, w miejscach gdzie w przeszłości wylewała rzeka Burdekin, na rafie pojawiały się korony cierniowe-rozgwiazdy, które żywią się rafą i są pasożytami.
Jon Brodie z James Cook University's Australian Centre, naukowiec badający tropikalną wodę, uznaje za „dosyć wysokie" zagrożenie dla rafy rozciągającej się od Frazer Island do Cairns. Dodaje też, że dominujące prądy i południowo- wschodni wiatr może przenieść falę powodziową jeszcze dalej na północ.
Australię podobna powódź nawiedziła już w 1991 roku niszcząc rozległe połacie rafy koralowej. Laureth Craggs, która prowadzi ośrodek turystyczny na Pumpkin Island, mówi, że widoczność wody spadła wtedy do jednego metra, podczas gdy normalnie jest to 25 do 30 metrów.
km