W czasie wojny W Chorwacji w latach 1991-1995 Hadżić dowodził serbskimi siłami separatystycznymi, był oskarżony o mordowanie ludności nie-Serbskiej. Przez cały czas trwania procesu nie przyznawał się do stawianych mu zarzutów. Zmarł w szpitalu w Nowym Sadzie w północnej Serbii.
Hadżić został zatrzymany w 2011 roku po 7 latach ukrywania się i ucieczki. Hadżić był tzw. prezydentem Republiki Serbskiej Krajiny, regionu w Chorwacji, który w 1991 r. jednostronnie ogłosił niepodległość. Zatrzymanie Hadżicia, który był ostatnim z listy 161 poszukiwanych przez haski trybunał, nastąpiło w dwa miesiące po aresztowaniu Ratko Mladicia i w trzy lata po zatrzymaniu Radovana Karadżicia - przywódców Serbów bośniackich z czasów wojny w Bośni i Hercegowinie (1992-1995). Ratko Mladić był w czasie wojny w Bośni i Hercegowinie (1992-95) dowódcą wojsk Serbów bośniackich, a Karadżić - ich przywódcą politycznym.
Były przywódca separatystów usłyszał łącznie 14 zarzutów, wśród których znalazły się oskarżenia o zbrodnie wojenne oraz zbrodnie przeciwko ludzkości, takie jak prześladowania, eksterminację i tortury. Odpowiadał przed Trybunałem w Hadze za masakrę prawie 300 mężczyzn w 1991 roku w Vukovarze przez oddziały Serbów chorwackich oraz przesiedlenie z miasta 20 tys. osób.
Zdaniem oskarżycieli Hadżić nie tylko osobiście zlecał zbrodnie, ale też brał w nich czynny udział. W kwietniu tego roku jego proces został odroczony na czas nieokreślony z powodu jego pogarszającego się stanu zdrowia.