Szef Komisji Europejskiej, który w latach 1995-2013 był też premierem Luksemburga ma kłopoty w związku z aferą podatkową. Po raz pierwszy jego nazwisko powiązano z tym tematem w 2014 roku, kiedy wybuchła afera LuxLeaks. Na jaw wyszły wówczas dokumenty dowodzące, że Luxemburg szedł na rękę światowym korporacjom, które unikały płacenia podatków. Tuż po wybuchu LuxLeaks Juncker zapewniał w mediach o swoim zaangażowaniu w walkę z unikaniem podatków. – Nic w mojej przeszłości nie wskazuje na to, że moją ambicją było wspieranie oszustw podatkowych, sytuacja jaka wystąpiła była rezultatem braku harmonizacji przepisów w Europie – tłumaczył.
Teraz europosłowie chcą ustalić, czy Jean-Claude Juncker w latach, kiedy sprawował funkcję premiera Luksemburga blokował prace nad przepisami UE, których celem miało być wyeliminowanie oszust podatkowych. Zadaniem komisji śledczej ds. afery podatkowej jest zbadanie wzbudzających kontrowersje praktyk podatkowych w krajach UE.
Jean-Claude Juncker pełni stanowisko szefa Komisji Europejskiej od 1 listopada 2014 roku. Zastąpił Jose Manuela Barosso.