Prokuratura Generalna Rosji oskarżyła ich początkowo o to, że działając w zorganizowanej grupie przestępczej w 1998 roku zagarnęli, a następnie zalegalizowali akcje spółki Wostocznaja Nieftianaja Kompania (WNK) na sumę 3,6 mld rubli (103,5 mln dolarów). Natomiast w latach 1998-2003 jakoby przywłaszczyli sobie prawie 350 mln ton ropy naftowej należącej do kilku spółek-córek Jukosu, a także wyprali 487 mld rubli (14 mld USD) i 7 mld dolarów.
Prokuratorzy wycofali później zarzut przywłaszczenia akcji WNK, uznając, iż czyn ten uległ przedawnieniu. Zmniejszyli też ilość rzekomo zagarniętej przez dwóch przedsiębiorców ropy z 350 mln ton do 281 mln ton. Oskarżyciele wyjaśnili, że w toku śledztwa popełniono "błędy arytmetyczne". Ponadto niektóre epizody nie znalazły potwierdzenia w postępowaniu sądowym.
Od maja 2005 roku Chodorkowski i Lebiediew odbywają już kary po osiem lat łagru za rzekome oszustwa podatkowe i uchylanie się od płacenia podatków. Prokurator Walerij Łachtin wniósł o zaliczenie im na poczet nowych kar okresu, jaki upłynął od ich aresztowania w 2003 roku. Oznacza to, że jeśli Sąd Rejonowy w Moskwie przychyli się do wniosku oskarżycieli, Chodorkowski i Lebiediew wyjdą na wolność w 2017 roku.
Chodorkowski i Lebiediew konsekwentnie odpierają wysunięte wobec nich zarzuty, uważając je za sfabrykowane i politycznie umotywowane. Nowy proces obu biznesmenów trwa od marca 2009 roku.pap, ps