Przez 3,5 roku przetrzymywano go w areszcie wojskowym jako "enemy combatant" (wrogiego bojownika). Określa się tak podejrzanych o terroryzm, którym odmawia się statusu jeńców wojennych, ale także prawa do procesu przed normalnym sądem USA. Przetrzymywanie Padilli na tej zasadzie spotkało się jednak z protestami, gdyż jest on obywatelem USA, podczas gdy status "enemy combatant" przypisano głównie terrorystom-obcokrajowcom.
Jego sprawa trafiła ostatecznie pod jurysdykcję normalnego wymiaru sprawiedliwości i wycofano początkowy zarzut planowania ataku z użyciem bomby radioaktywnej, pozostawiając inne zarzuty działalności terrorystycznej.
Padilli udowodniono m.in. udział w szkoleniu terrorystów w Afganistanie. Dowodów dostarczyły także liczne podsłuchy rozmów islamistów prowadzone przez FBI. Obecnie sąd apelacyjny uznał m.in., że z racji szkolenia, jakie Padilla przeszedł w Al-Kaidzie, istnieje "podwyższone ryzyko", iż będzie w przyszłości niebezpieczny.
pap, ps