Afridi był oskarżony o zdradę stanu. Media, donosząc o tym, wskazywały, że przeprowadzona przez niego fałszywa kampania szczepień miała pomóc agentom amerykańskiego wywiadu namierzyć bin Ladena w Abottabadzie, gdzie w maju zeszłego roku zabiły go siły specjalne USA. Lekarza zatrzymano po operacji amerykańskich komandosów. Afridiego, który pobrał próbki DNA od czterech żon bin Ladena i jego dzieci, skazał sąd plemienny w jego rodzinnym okręgu Chajber w zachodnim Pakistanie na obszarze Terytoriów Plemiennych Administrowanych Federalnie, przy granicy z Afganistanem.
W sądowym dokumencie w sprawie lekarza, udostępnionym 30 maja czytamy jednak, że Afridiego uwięziono za bliskie powiązania z ugrupowaniem bojowników Lashkar-e-Islam. Agencja Reutera przyznaje, że nie jest jasne, dlaczego przedstawiciele Pakistanu podali najpierw, że Afridiego uwięziono za powiązania z CIA. Być może pakistański rząd chciał pokazać krajowej opinii publicznej, w większości antyamerykańskiej, że Pakistan nie będzie tolerować żadnej współpracy z amerykańską agencją wywiadowczą, zwłaszcza w czasie napięcia w stosunkach z Waszyngtonem.
Departament Stanu USA uznał w zeszłym tygodniu, że władze Pakistanu nie miały podstaw, by uwięzić Afridiego. O zwolnienie pakistańskiego lekarza apelowała amerykańska sekretarz stanu Hillary Clinton, podkreślając, że dobrze przysłużył się on interesom Pakistanu i USA. Z kolei szef Pentagonu Leon Panetta sugerował 27 maja, że uwięzienie Afridiego przeszkodzi poprawie stosunków USA z Pakistanem, nadwyrężonych przez zabicie bin Ladena. Wcześniej Panetta mówił w wywiadzie telewizyjnym, że Afridi i jego zespół odegrali istotną rolę w odszukaniu szefa Al-Kaidy. - Shakil Afridi współpracował przez kilka lat z CIA jeszcze przed namierzeniem bin Ladena, dostarczając amerykańskim agentom informacji na temat ugrupowań bojowników w regionach zamieszkanych przez Pasztunów - przyznał były przedstawiciel pakistańskich sił bezpieczeństwa. Według brata Afridiego, Jamila, oskarżenie lekarza o zdradę stanu jest bezpodstawne, a Shakil Afridi został kozłem ofiarnym.
Zarzut pomagania bojownikom może zwiększyć szanse Afridiego na skuteczne podważenie werdyktu, którego uzasadnienie zaskoczyło również prawnika Afridiego. Adwokat Samiullah Afridi, który otrzymał dokument 30 maja, zauważył, że "zarzuty są całkiem inne od tych, o których wcześniej mówiono". - Te wcześniejsze były bardzo poważne. A z takimi kwestiami, jak pomoc udzielana przez ludzi ugrupowaniom bojowników, mamy w sądach ciągle, codziennie, do czynienia - powiedział.PAP, arb