Są to największe starcia od podpisania w 2002 roku "paktu pokojowego" po zamieszkach, które kosztowały życie ponad pięć tysięcy ludzi. Rozpoczęły się one, gdy chrześcijanie chcieli bez zgody władz świętować 54. rocznicę proklamowania Republiki Moluków Południowych. Jadące w kolumnie samochody zostały obrzucone przez muzułmanów kamieniami. Interweniowała policja, co zaostrzyło i tak już napiętą atmosferę.
Islamska organizacja Laskar Dżihad, powiązana z Al-Kaidą Osamy bin Ladena, która w 2000 r. zgromadziła w obozach w centrum Jawy tysiące młodych ludzi, gotowych pójść na świętą wojnę na Moluki, przeprowadziła serię krwawych najazdów na chrześcijańskie wsie archipelagu. Zginęło wówczas około pięć tysięcy osób, a kilkadziesiąt tysięcy uciekło z wysp.
Pomimo podpisania "paktu pokojowego" na wyspach nadal dochodzi, choć sporadycznie, do niepokojów.
em, pap