Agadżari, należący do reformatorskiej Organizacji Bojowników Rewolucji Islamskiej, został skazany w listopadzie 2002 r. przez jednoosobowy sąd na karę śmierci za stwierdzenie, że muzułmanie "nie są małpami", by "ślepo iść za przywódcą religijnym".
Zarzucał też religijnym przywódcom irańskim, iż chcą wprowadzić w kraju fundamentalistyczną wersję islamu.
Agadżari jest profesorem historii, weteranem wojny irańsko- irackiej (1980-1988), w której stracił nogę.
Wyrok wywołał falę gwałtownych protestów, m.in. w Teheranie w obronie swego wykładowcy protestowali studenci, domagając się przy okazji reform politycznych w Iranie. Protestował także świat.
Kara śmierci została uchylona w czerwcu 2003 roku przez Sąd Najwyższy. Rewizja wyroku nastąpiła na wniosek najwyższego przywódcy duchowego ajatollaha Alego Chamenei po apelu kilkuset naukowców o ponowne zbadanie sprawy niepokornego intelektualisty.
Po wielu apelacjach kara został ostatecznie złagodzona do trzech lat więzienia.
"Mam nadzieję, że nadejdzie dzień, w którym nikt nie pójdzie do więzienia w Iranie za wyrażane opinie, a tym bardziej nie zostanie skazany na śmierć" - powiedział, nie kryjąc wzruszenia, Agadżari reporterom przed swym domem na północy Teheranu. Po powrocie z cieszącego się złą sławą teherańskiego więzienia Ewin, witały go setki zwolenników.