Na swojej stronie internetowej muzeum reklamuje się jako skarbnica wiedzy o amerykańskiej kryptologii (czyli sztuce szyfrowania tajnych komunikatów i ich odczytywania). W istocie, zgromadzone eksponaty obrazują głównie historię kryptologii XX wieku związaną z dwoma wojnami światowymi i wcale nie ograniczają się do osiągnięć amerykańskich w tej dziedzinie.
Przewodnik po muzeum Patrick Weadon pokazuje najpierw zwiedzającym Enigmę, słynną niemiecką elektromechaniczną maszynę do szyfrowania. Jej konstruktorzy byli przekonani, że zbudowali urządzenie, którego skomplikowany system, składający się z mechanicznej klawiatury, wirników bębnowych i łącznicy kablowej, gwarantuje, iż wysyłanych za jej pomocą szyfrogramów nikomu nie uda się rozszyfrować. Maszyna weszła na wyposażenie hitlerowskich sił zbrojnych. W latach 30. kody Enigmy rozszyfrowali po raz pierwszy polscy matematycy Marian Rejewski, Jerzy Różycki i Henryk Zygalski.
Był to przełom, który umożliwił potem dalsze prace nad dekodowaniem szyfrów kolejnych, ulepszanych wersji Enigmy, najpierw w Wielkiej Brytanii, w centrali wywiadu wojskowego w Bletchley Park, a następnie w USA. Do rozszyfrowywania niemieckich i japońskich komunikatów Amerykanie zbudowali maszynę zwaną US Navy Cryptoanalytical Bombe, której kopię także można podziwiać w muzeum.
Złamanie kodów Enigmy umożliwiło skrócenie wojny, pomagając m.in. w pomyślnym przeprowadzeniu inwazji na kontynent europejski w czerwcu 1944 r. Niemcy byli zdumieni, kiedy dowiedzieli się - dopiero w 1974 r. - że alianci odgadli tajemnicę ich maszyny.
Amerykańskiemu wywiadowi wcześnie udało się złamać kody używane w tajnych japońskich depeszach dyplomatycznych. Wywnioskowano z nich, że cesarstwo nie negocjuje z USA w dobrej wierze i prawdopodobnie ma agresywne zamiary. Mimo to atak na Pearl Harbor w grudniu 1941 był dla Amerykanów bolesnym zaskoczeniem, gdyż nie potrafili jeszcze wtedy rozszyfrowywać przechwyconych tajnych japońskich komunikatów wojskowych.
W czasie II wojny światowej wywiad USA dzielił się z wywiadem sowieckim wiedzą o tym, jak łamać tajne kody, chociaż nie udostępniał mu rozszyfrowanych przez siebie raportów. Od 1942 roku zaczął jednocześnie rozszyfrowywać tajne depesze sowieckie (program VENONA), dzięki czemu wpadł na trop szpiegów KGB próbujących wykraść w USA tajemnice amerykańskiego programu atomowego. W gablotkach muzeum można obejrzeć fotokopie tajnych meldunków sowieckiego wywiadu i zdjęcia jego słynnych agentów.
Inne atrakcje to eksponaty z programu szyfrowania komunikatów wojsk amerykańskich na Pacyfiku za pomocą języka Indian Navajo. Był on pomysłem jednego z generałów, który przypadkiem podsłuchał rozmowę żołnierzy z tego plemienia w ich języku. Użycie tych szyfrów przez "Navajo Code Talkers" umożliwiło Amerykanom w marcu 1945 r. m.in. zdobycie wyspy Iwo Jima, co było jednym z kluczowych epizodów wojny na Pacyfiku.
pap, ps