Stanowisko długo pozostawało miejscem słabo zbadanym i mało znanym, ale pod koniec 2010 roku peruwiańskie władze - we współpracy z organizacją Światowy Fundusz Dziedzictwa (GHF) - podjęły zakrojone na szeroką skalę prace konserwatorskie i badawcze w Marcahuamachuco. Jak poinformował archeolog Cristian Vizconde, imponujące kamienne budowle na stanowisku i masywne, podwójne mury, których wysokość wynosi miejscami 10-12 metrów, zostały wzniesione przez przedstawicieli nierozpoznanej kultury, którzy budowę rozpoczęli w okresie 350-400 r. n.e. i kontynuowali do ok. 800 roku.
W ciągu stulecie pozostałości miasta były wielokrotnie plądrowane, a niezamieszkane budowle ulegały niszczącemu wpływowi sił natury. Archeolodzy z różnych krajów, badający sporadycznie pozostałości miasta od ok. 1900 roku, nie odnaleźli artefaktów, które mogłyby wyjaśnić pochodzenie jego mieszkańców. Kanadyjscy naukowcy, John Topic i Teresa Lange-Topic, którzy przeprowadzili badania stanowiska przypuszczają, że tajemniczy lud zamieszkujący Marcahuamachuco opuścił je ok. XIII wieku i kiedy 200 lat później Inkowie zajęli te tereny, zastali jedynie opustoszałe miasto. Archeolodzy mają nadzieję na wyjaśnienie tajemnic miasta dzięki szczegółowym badaniom nielicznych ludzkich grobów, które uniknęły obrabowania w rejonie tzw. Zamku, gdzie prawdopodobnie chowano ciała członków elity i kapłanów, a także dzięki odnalezieniu kolejnego cmentarza w części miasta ukrytej dotąd pod warstwą ziemi.
Realizowany w Marcahuamachuco projekt badawczy ma na celu pełne odsłonięcie pozostałości wspaniałego miasta i umieszczenie stanowiska na liście światowego dziedzictwa UNESCO.pap, ps