W listopadzie 2008 r. Sąd Apelacyjny w Warszawie uchylił orzeczenie sądu okręgowego z lutego 2008 r. o uniewinnieniu ministra i zwrócił sprawę do I instancji. O tej decyzji, podjętej na wniosek prokuratury i pełnomocnika Oleksego, zdecydowały względy formalne: do powtórki jest kwestia wniosku dowodowego prokuratury, która chciała przesłuchania na rozprawie części świadków, a zeznania innych jedynie odczytać. Sąd I instancji miał przeoczyć, że zeznania świadków nie wzywanych należy uznać za ujawnione, by legalnie się na nie powoływać w wyroku.
Milczanowski powiedział, że ma nadzieję na powtórne uniewinnienie i że nie będzie składał nowych wniosków dowodowych.
Jak ustaliła PAP, wnioski takie złożył Oleksy, który w tym procesie jest oskarżycielem posiłkowym. Sam Oleksy powiedział, że "sprawa rusza od początku". Ponowny proces może być bardzo krótki, chyba że sąd uwzględniłby wnioski Oleksego.
Po pewnym czasie Oleksy opuścił salę sądu, bo - jak powiedział - "nabiera coraz większych wątpliwości co do bezstronności sądu, który rozstrzyga pospiesznie".
W oświadczeniu Oleksy napisał, iż sąd odmówił uznania usprawiedliwienia nieobecności jego pełnomocnika, który uległ wypadkowi i oczekuje na operację. Oleksy oświadczył, że "łamane są jego prawa, zwłaszcza do pomocy prawnej i nie jest możliwe procedowanie bez obecności pełnomocnika, który reprezentuje go od kilkunastu lat i zna całość materiału".
Jak napisano w oświadczeniu, złożony został także wniosek o wyłączenie sędziego w związku - w ocenie Oleksego i jego pełnomocnika - "z jego ewidentnym udziałem w dotychczasowej fazie postępowania i wyraźnym zaangażowaniem przeciwko prawom Oleksego jako pokrzywdzonego". Sąd jednak wniosek oddalił.
"Postępowanie, które trwa już kilkanaście lat sprawia wrażenie, jakby Andrzej Milczanowski znajdował się pod specjalną ochroną. W tej sytuacji premier Józef Oleksy uznał za bezcelową swoją obecność na procesie" - głosi oświadczenie.
Nie są znane bliższe szczegóły rozprawy, bo jest ona w całości tajna z powodu ochrony tajemnicy państwowej. Wiadomo tylko, że sąd otworzył przewód sądowy. Proces odroczono do 27 lipca.
W lutym 2008 r. sąd uznał, że Milczanowski naruszył tajemnicę państwową, ale działał w stanie wyższej konieczności i uniewinnił go. Sąd uznał, że Milczanowski, przekazując informacje operacyjne w sprawie rzekomej współpracy Oleksego z obcym wywiadem, znajdował się w sytuacji wyjątkowej i dobro niższej wartości - tajemnicę państwową - poświęcił dla dobra wyższego - interesu państwa.
"Nie zgadzam się z wyrokiem" - mówił wtedy Oleksy i zapowiadał apelację. Milczanowski (obecnie notariusz w Szczecinie), któremu grozi do pięciu lat więzienia, mówił, że wypełniał tylko swój obowiązek i dziś postąpiłby tak samo.
Prokuratura oskarżyła go, że 21 grudnia 1995 r. z trybuny Sejmu, jako szef MSW, ujawnił tajemnicę państwową mówiąc, iż premier Oleksy był źródłem informacji dla wywiadu ZSRR, a później Rosji - m.in. podczas kontaktów z oficerem KGB Władimirem Ałganowem. Ponadto, że "bezprawnie powiadomił" o zarzutach wobec Oleksego m.in. ówczesnego prezydenta-elekta Aleksandra Kwaśniewskiego, marszałków Sejmu i Senatu oraz szefa MSZ. Prokuratura oparła się m.in. na sprawozdaniu sejmowej komisji nadzwyczajnej, która badała legalność działań w sprawie Oleksego. Według przyjętego w 1996 r. przez Sejm sprawozdania, działania oficerów UOP i Milczanowskiego mogły naruszać prawo.
Sprawa rzekomego szpiegostwa, ujawniona na kilka dni przed końcem kadencji prezydenta Lecha Wałęsy, wywołała wielki kryzys polityczny. Oleksy nazwał sprawę prowokacją, bo MSW miało sugerować za kulisami jego odejście z urzędu premiera. Zaprzeczył, by był agentem, choć przyznał, że "biesiadował" z Ałganowem.
Na początku 1996 r. Oleksy podał się do dymisji, gdy prokuratura wojskowa wszczęła śledztwo w jego sprawie, o co 19 grudnia 1995 r. wniósł Milczanowski. W kwietniu 1996 r. śledztwo umorzono z powodu niestwierdzenia przestępstwa szpiegostwa. Prokuratura podkreśliła, że materiały zebrane przez UOP nt. Oleksego można traktować "wyłącznie jako poszlaki". Do dziś nie wiadomo, kto był agentem KGB o kryptonimie Olin.
ab, ND, pap